DNA演算シミュレータの構築

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2005-05-10
• タイトル: DNA演算シミュレータの構築
• タイトル / 言語: en
• タイトル: A Development of DNA Computing Simulator
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 茨城大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 茨城大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 茨城大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 茨城大学工学部情報工学科
• 著者所属: 茨城大学工学部情報工学科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Engineering Ibaraki University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Engineering Ibaraki University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Engineering Ibaraki University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer and Information Sciences Ibaraki University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer and Information Sciences Ibaraki University
• 著者名: 下田, 明宏; 涌井, 智寛; 星野, 哲男; 畠山, 正行; 荒木, 俊郎
• 著者名(英): Akihiro, Shimoda; Tomohiro, Wakui; Tetsuo, Hoshino; Masayuki, Hatakeyama; Toshirou, Araki
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: DNA計算の分野において計算アルゴリズムが幾つか提案されている．提案されたDNA計算アルゴリズムは分子生物学的なDNA計算は実験によって実現されるものであり，実験を行って検証しなければならない．しかし実験にはいくつかの困難があり容易ではない．そこでDNA計算シミュレータがこれらの実験の前段階として有効である．しかし現存するシミュレータは種類も少なく，また，時間的に連なる複数の操作手続きを連続して実行できるようには作られていない．そこで我々は連なった操作が行える様な仕組みを実現したDNA計算シミュレータを開発した．開発したシミュレータを既存のVNAシミュレータと比較した．その結果，計算精度は共通機能についてはほぼ同じ精度であることが分かった．それに加えて，開発したシミュレータは，連続した操作を実現した以外にも幾つかの新しい特徴を持っている．それは入出力のDNA分子の種類数を大幅に増やしたために，DNA分子のうち従来のシミュレータでは無視されていたごく少数のDNA分子も保持でき，シミュレーションに組み入れられたことである．今後の課題は本シミュレータの妥当性と実現性を分子生物学的な実験と比較して検証すること，及び，他の複雑な計算シミュレーションに応用できるように機能を拡張することである．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In the DNA computing field, some DNA computing algorithms have been proposed. DNA computings can be realized based on the bio-molecular experiments. Then, these proposed DNA computing algorithms must be verified using these experiments. A DNA computing simulator is valuable as the preceding stage tool of these experiments. The existing simulators are, however, only a few, and the existing ones can not be used for plural sequential operation procedures. Therefore we have developed a DNA computing simulator that can be used for sequentially constituted DNA computing operation procedures. The developed simulator has been compared with the VNA simulator and the other one. The results show that the arithmetic accuracy is almost the same in the common functions. In addition, the simulator that we have developed has some new features. That is, since the numbers of input/output molecule kinds have drastically be increased, the small numbers of molecule kinds that are neglected in the existing simulators an also be maintained in the program and treated in the simulation. The future work is to verify the reasonableness and realizability of this simulator by comparing with the bio-molecular experiments, and expanding the functions of this simulator to apply other complex computing simulations.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2005, 号 37(2005-MPS-054), p. 17-22, 発行日 2005-05-10
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会