ヒト全ゲノム解析プログラム Genomon のスーパーコンピュータ「富岳」向け最適化と性能評価

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2021-03-08
• タイトル: ヒト全ゲノム解析プログラム Genomon のスーパーコンピュータ「富岳」向け最適化と性能評価
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: HPCアプリケーション
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 理化学研究所計算科学研究センター
• 著者所属: 東京医科歯科大学M&Dデータ科学センター
• 著者所属: 富士通株式会社
• 著者所属: 富士通株式会社
• 著者所属: 富士通株式会社
• 著者所属: 理化学研究所計算科学研究センター
• 著者所属: 東京医科歯科大学M&Dデータ科学センター
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): RIKEN R-CCS
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): M&D Data Science Center, Tokyo Medical and Dental University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Fujitsu Limited
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Fujitsu Limited
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Fujitsu Limited
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): RIKEN R-CCS
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): M&D Data Science Center, Tokyo Medical and Dental University
• 著者名: 鈴木, 惣一朗; 伊東, 聰; 酒井, 憲一郎; 稲田, 由江; 三吉, 郁夫; 石川, 裕; 宮野, 悟
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 我々はスーパーコンピュータ「富岳」開発プロジェクトのターゲットアプリケーションのひとつとして，ヒト全ゲノム解析プログラム Genomon の「富岳」向け移植と最適化を行ってきた．本稿では，その最適化内容と「富岳」での性能評価について報告する．Genomon の実行性能はディスク I/O 性能に依存するため，特に「富岳」に実装された LLIO（Lightweight Layered IO-Accelerator）ファイルシステムをどのように活用したかを中心に報告する．また，Genomon のスループット性能向上のために試みた複数パイプライン同時実行についても報告する．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10463942
• 書誌情報: 研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）; 巻 2021-HPC-178, 号 18, p. 1-9, 発行日 2021-03-08
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8841
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会