分子ネットワーク上の状態推定とその可視化による知識発見支援

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2016-03-11
• タイトル: 分子ネットワーク上の状態推定とその可視化による知識発見支援
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Estimating and Visualizing State Transitions of Transcription Factors from Perturbation Experiments
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 山梨大学大学院コンピュータ・メディア工学専攻
• 著者所属: 山梨大学大学院医学工学総合研究部／独立行政法人科学技術振興機構，さきがけ
• 著者所属: 岡山大学異分野融合先端研究コア
• 著者所属: 神戸大学情報基盤センター
• 著者所属: 山梨大学大学院医学工学総合研究部
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science and Media Engineering, Univ. of Yamanashi
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Research Interdisciplinary Graduate School of Medicine and Engineering, Univ. of Yamanashi / JST, Presto
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Research Core for Interdisciplinary Sciences, Okayama Univ.
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Information Science and Technology Center, Kobe Univ.
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Research Interdisciplinary Graduate School of Medicine and Engineering, Univ. of Yamanashi
• 著者名: 平沼, 祐人; 山本, 泰生; 守屋, 央朗; 宋, 剛秀; 岩沼, 宏治
• 著者名(英): Yuto, Hiranuma; Yoshitaka, Yamamoto; Hisao, Moriya; Takehide, Soh; Koji, Iwanuma
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本稿では，転写因子結合ネットワーク上の各転写因子の状態をマイクロアレイデータから定性的に推定する手法を提案する．転写因子は遺伝子発現を調整する重要な因子であり，転写因子の状態推定を行うことは，転写機構によって制御される細胞反応のダイナミクスの解明に繋がる．提案手法では，はじめに状態推定問題を最適化問題として定式化した後，推定された状態の評価モデルとして，単独の転写因子による影響のみを考慮したもの （単独推定） と複数因子の相互作用の影響も考慮したもの （複数推定） の 2 つの問題を考える．一般に後者は解候補の組み合わせ爆発に関わる問題であるが，本研究ではこの組み合わせ最適化問題を制約充足問題に帰着し，高速な SAT 技術を用いて求解している．更に，転写因子の活性状態の全体図を捉えることができる可視化ツールを開発している．このツールにより，生物学者と対話しながら，直感を刺激することで知識発見支援を行う．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2016-BIO-45, 号 11, p. 1-6, 発行日 2016-03-11
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会