MapReduceによる計算科学アプリケーションのワークフロー実行支援

• Item type: Symposium(1)
• 公開日: 2013-12-31
• タイトル: MapReduceによる計算科学アプリケーションのワークフロー実行支援
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Supporting Workflow Management of Scientific Applications by MapReduce Programming Model
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: 並列データ処理
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_5794
• 資源タイプ: conference paper
• 著者所属: 理化学研究所計算科学研究機構
• 著者所属: 理化学研究所計算科学研究機構
• 著者所属: 理化学研究所計算科学研究機構
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): RIKEN AICS
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): RIKEN AICS
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): RIKEN AICS
• 著者名: 滝澤, 真一朗; 松田, 元彦; 丸山, 直也
• 著者名(英): Shinichiro, Takizawa; Motohiko, Matsuda; Naoya, Maruyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 計算科学アプリケーションにはアンサンブル計算や多数のデータ処理等，多数のタスクをワークフロー実行できるものが多くある．我々は大規模並列システムで実行されている計算科学アプリケーションのワークフロー実行パターンを抽出し，MapReduce プログラミングモデルにてワークフローを構築するための機能要件を精査した．その機能要件を満たすべく，MapReduce 処理系 K MapReduce に追加機能として実装した．計算科学アプリケーションワークフローの MapReduce 実装事例として，レプリカ交換分子動力学法シミュレーション，ゲノム変異解析アプリケーションを実装した．MapReduce を用いない実装との比較評価を行った結果，両者にて性能面での優位性を，後者では記述面での優位性も確認した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: There are many applications that run many tasks as a workflow, such as ensemble simulation and data processing, in scientific applications. We surveyed various applications that run on large scale parallel systems, extracted their workflow patterns and then investigated requirements for building the workflow on the MapReduce programming model. To fulfill the requirements, we implemented them to 'K MapReduce' MapReduce implementation. To illustrate the scientific applications' workflows on the MapReduce model, we implemented two application workflows on the K MapReduce; Replica exchange molecular dynamics and Genome analysis. As a result of comparison with implementations without MapReduce, we confirmed performance benefits in the both cases and a code size benefit in the latter case.
• 書誌情報: ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集; 巻 2014, p. 1-9, 発行日 2013-12-31
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会