RNA構造解析のための確率多重文脈自由文法

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2005-12-22
• タイトル: RNA構造解析のための確率多重文脈自由文法
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Stochastic Multiple Context-Free Grammar for RNA Structure Analysis
• 言語: eng
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
• 著者所属: 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science Nara Institute of Science and Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science Nara Institute of Science and Technology
• 著者名: 加藤有己; 関, 浩之
• 著者名(英): Yuki, Kato; Hiroyuki, Seki
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: シュードノットと呼ばれる部分構造を含む，RNAの２次構造をモデル化する形式文法がいくつか提案されている．本論文では，文脈自由文法の自然な拡張でありシュードノットを表現できる多重文脈自由文法（MCFG）に着目し，その部分クラスを確率モデルに拡張する．次に，RNA２次構造予測に応用される，最大確率を持つ導出木を求める多項式時間のアルゴリズムを与える．また，EMアルゴリズムに基づく確率パラメータ推定法にも触れる．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Several formal grammars have been proposed for modeling RNA secondary structure including substructure called pseudoknot. In this paper, we focus on multiple context-free grammars (MCFGs), which are natural extension of context-free grammars and can represent pseudoknots, and extend a specific subclass of MCFGs to a probabilistic model. We present a polynomial time parsing algorithm for finding the most probable derivation tree, which is applicable to RNA secondary structure prediction. In addition, we mention a probability parameter estimation method based on the EM (expectation maximization) algorithm.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2005, 号 128(2005-BIO-003), p. 7-14, 発行日 2005-12-22
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会