検定多重性とサンプル個性を利用した臨床ラベル関連遺伝子探索

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2008-06-19
• タイトル: 検定多重性とサンプル個性を利用した臨床ラベル関連遺伝子探索
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Differential gene discovery with considering characteristic patterns
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 京都大学情報学研究科
• 著者所属: 京都大学情報学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Informatics, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Informatics, Kyoto University
• 著者名: 大羽成征; 石井, 信
• 著者名(英): Shigeyuki, Oba; Shin, Ishii
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 異なる臨床ラベルのついた標本群間で平均発現量に差異があるような遺伝子をマイクロアレイデータに基づいて検出する問題において，遺伝子発現パターン間に臨床ラベルに直接対応しない相関がある状況を考慮に入れた新手法を提案する．提案手法では，残差行列(発現行列を標本群間差異で表現した残り) に特異値分解を施すことによって発現パターン間の相関を表現する因子統計量を定義し，これと通常の統計量とを組み合わせて多次元の検定統計量を用意し，経験ベイズ法に基づく検定を適用する．提案手法は，保守的な FDR 推定値によって第一種過誤率を制御することができるのみでなく，既存の検定スコアを超える検出力を示した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: For better detection of significant genes with differential expression (DE) between different clinical groups based on microarray measurement, we consider, in this study, a situation where expression patterns of significant genes may show correlation which does not directly correspond to the clinical labels. In order to extract the correlation, we defined factor statistics based on a singular value decomposition of a residual matrix, that is, a gene expression profile matrix subtracted by mean differential expressions. We presented a multi-dimensional test statistic consisting of the conventional and the novel statistics, and applied the framework of empirical Bayesian statistical test. This new test had a conservative estimation of false discovery rate (FDR) and exhibited higher power than conventional statistical tests.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2008, 号 58(2008-BIO-013), p. 37-42, 発行日 2008-06-19
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会