WEKO3
アイテム
アミノ酸配列のマルチプルアライメント計算における A*アルゴリズムの適用の効果
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/33693
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/3369310262bbd-0b91-4d66-beee-8efc54f69b5f
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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IPSJ-MPS97016004.pdf (708.6 kB)
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Copyright (c) 1997 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 1997-11-21 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | アミノ酸配列のマルチプルアライメント計算における A*アルゴリズムの適用の効果 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Employing A* Algorithm in Parallel Multiple Protein Sequence Alignment | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| （株）情報数理研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Information and Mathematical Science Laboratory, Inc. | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者名 |
十時, 泰
秋山泰
鬼塚健太郎
野口, 保
斎藤, 稔
安藤, 誠
× 十時, 泰 秋山泰 鬼塚健太郎 野口, 保 斎藤, 稔 安藤, 誠
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| 著者名(英) |
Yasushi, Totoki
Yutaka, Akitama
Kentaro, Onizuka
Tamotsu, Noguchi
Minoru, Saito
Makoto, Ando
× Yasushi, Totoki Yutaka, Akitama Kentaro, Onizuka Tamotsu, Noguchi Minoru, Saito Makoto, Ando
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | アミノ酸配列のマルチプルアライメント計算に、最良優先探索の反復改善法を適用し、最良優先探索における近傍探索をPVMライブラリを用いて並列実装した。さらに、A^*アルゴリズムを適用して探索空間の効率的な刈り込みを実現した。これらの改良の結果、従来法よりも精度のよい、生物学的にも十分意味のあるマルチプルアライメントを、現実的な計算時間内で得ることを可能とした。 | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | As a new strategy for multiple sequence alignment, we employed an iterative scheme with best-first search, and parallelized its search step using PVM library. Furthermore we implemented the A^* pruning algorithm instead of dynamic programming, to drastically reduce the search space. As a result, our new parallel system enables biologically accurate multiple sequence alignment performed within reasonable time. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10505667 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 巻 1997, 号 113(1997-MPS-016), p. 19-24, 発行日 1997-11-21 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
