木探索アプローチによるタンパク質立体配座解析と大規模並列計算機上での高速解析システムの構築

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 1998-10-07
• タイトル: 木探索アプローチによるタンパク質立体配座解析と大規模並列計算機上での高速解析システムの構築
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Parallel Tree Search - based Protein Conformation Analysis system Implemented on a Massively Parallel Computer
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 技術研究組合新情報処理開発機構
• 著者所属: 技術研究組合新情報処理開発機構
• 著者所属: 技術研究組合新情報処理開発機構
• 著者所属: 技術研究組合新情報処理開発機構
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者名: 安藤, 誠; 秋山, 泰; 鬼塚健太郎; 野口, 保
• 著者名(英): Makoto, Ando; Yutaka, Akiyama; Kentaro, Onizuka; Tamotsu, Noguchi
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本論文では，木探索によるタンパク質立体配座解析手法を提案する．本手法では，構成する原子をある半径を持つ硬い球，各原子間の回転可能な共有結合を回転軸とみなすというモデル化を行い，すべての回転軸を回転させて網羅的に配座異性体を生成する．得られた配座異性体の存在可能性の検査は，原子間の衝突の検出に加え，特定原子間の距離制約や角度制約で行う．我々は，医薬品の設計において重要なアミノ酸3?8残基程度の立体配座解析に適用可能なシステムを実装した．例題としてオピオイドペプチドの構造解析を行った結果，距離や角度の制約を組み合わせて使用することで，医薬品の設計における実用的な問題が解析可能であることを示した．さらに並列版では，256台のプロセサを使用した場合，最大で192倍の高速化が達成された．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In this paper, we report on the design and the implementation of the Parallel Tree Search-based Protein Conformation Analysis System. In our protein conformation analysis model we assume that the atoms in a protein are hard spheres with certain radii, and the single covalent bonds are turnable axes. The conformational isomers are generated by varying the torsion angles of all the turnable axes, and each generated conformational isomer is checked for validity. Distance constraints and angle constraints greatly reduce the size of the search space. Using these constraints, our system succeeded in analyzing the conformations of an opioid peptide, one of the important peptides in drug design. The parallel version of our program showed good speedups over the sequential version (192-fold speedup using 256 PUs).
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 1998, 号 91(1998-MPS-021), p. 25-30, 発行日 1998-10-07
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会