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アイテム
文法圧縮アルゴリズムを用いたcolored de Bruijn graphの効率化
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/232768
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/232768637f4e4c-228e-4897-9db8-38001420e0dd
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO24077019.pdf (1.1 MB)
2026年3月1日からダウンロード可能です。
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Copyright (c) 2024 by the Information Processing Society of Japan
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| 非会員：¥660, IPSJ:学会員：¥330, BIO:会員：¥0, DLIB:会員：¥0 | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2024-02-29 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | 文法圧縮アルゴリズムを用いたcolored de Bruijn graphの効率化 | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 早稲田大学基幹理工学研究科 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 早稲田大学基幹理工学研究科 | ||||||||||
| 著者名 |
岩月, 悠真
× 岩月, 悠真
× 清水, 佳奈
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | Colored de Bruijn graph (CDBG) はサンプル特異的な変異の発見など多様な解析に役立つ．CDBG の色情報はグラフと関連するバイナリ行列 (color matrix) で保存されるが，サンプル数を増やすにつれてサイズが非常に大きくなる．そのため，実用に耐えうる CDBG を構築するには color matrix をうまく圧縮する必要がある．本研究では文法圧縮のアルゴリズムやハミング距離近傍探索による差分表現を用いて，color matrix の疎かつ行ベクトルが類似しやすい性質を生かした圧縮を行った．結果として，提案手法は既存手法と比較してデータ構造のサイズ削減とクエリ応答の高速化のより良いトレードオフを実現した． | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2024-BIO-77, 号 19, p. 1-6, 発行日 2024-02-29 |
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| ISSN | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
| 収録物識別子 | 2188-8590 | |||||||||
| Notice | ||||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||
| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
