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アイテム
エンハンサー・プロモーター間相互作用予測問題に対する負例生成手法の提案
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/216922
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/216922b0fbc149-337f-43d9-b91c-9882538360b8
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO22069012.pdf (1.4 MB)
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Copyright (c) 2022 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2022-03-03 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | エンハンサー・プロモーター間相互作用予測問題に対する負例生成手法の提案 | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 九州大学芸術工学部 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 九州大学大学院芸術工学研究院 | ||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||
| en | ||||||||||
| School of Design, Kyushu Uniersity | ||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||
| en | ||||||||||
| Faculty of Design, Kyushu Uniersity | ||||||||||
| 著者名 |
古賀, 吏
× 古賀, 吏
× 丸山, 修
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | エンハンサー・プロモーター間相互作用は，遺伝子制御において重要なメカニズムである．先行研究のTargetFinderやEP2vecの学習データを染色体単位で分割した交差検証では学習が全くうまく行かないことが報告されており，その原因はTargetFinderの負例の生成方法にあることが指摘されている．本研究では，エンハンサー・プロモーター間相互作用予測問題に対する新しい負例生成手法を提案する．具体的には，与えられた正例の相互作用集合から構成される有向グラフに対する最大フロー問題に還元することにより適切な負例を生成する．生成された負例のほとんどは，本研究で課した制約（正例における各エンハンサーと各プロモーターの出現回数と同程度になること）を満たしていることが分かった．さらに生成された負例を用いた学習では，明らかに予測精度が改善されていることが判明した． | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2022-BIO-69, 号 12, p. 1-3, 発行日 2022-03-03 |
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| ISSN | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
| 収録物識別子 | 2188-8590 | |||||||||
| Notice | ||||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||
| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
