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アイテム
クラスA Gタンパク質共役受容体専用エンコーダを用いたタンパク質ー化合物相互作用予測
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/216913
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/2169137defa38d-44bb-467c-8de5-94b3e63c5c52
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO22069003.pdf (2.1 MB)
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Copyright (c) 2022 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2022-03-03 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | クラスA Gタンパク質共役受容体専用エンコーダを用いたタンパク質ー化合物相互作用予測 | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 現在，東京工業大学 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 現在，東京工業大学 | ||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||
| en | ||||||||||
| Presently with Tokyo institute of Technology | ||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||
| en | ||||||||||
| Presently with Tokyo institute of Technology | ||||||||||
| 著者名 |
山根, 永暉
× 山根, 永暉
× 石田, 貴士
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | Gタンパク質共役受容体(G protein-coupled receptor, GPCR)は生理学的および構造的特徴からクラスA～Fの6クラスに分類される。その中でも最大のGPCRクラスを構成するクラスA GPCRは、リガンドとの結合部位がヘリックス部分であることが判明しており、そのリガンドを同定することは創薬や機能的役割の新たな発見につながる。近年、深層学習を用いたタンパク質ー化合物相互作用予測の研究が盛んだが、多くの研究では様々なタンパク質ファミリーに対応できるようタンパク質配列全長を入力として使用している。しかしながら、クラスA GPCRの様にヘリックス部分が化合物との結合に重要と判明している場合、末端領域や細胞内、細胞外ループ領域はノイズとしてエンコーディングされる可能性がある。そこで本研究ではタンパク質をクラスA GPCRに絞った化合物相互作用データセットを作成し、クラスA GPCRのヘリックス部分のアミノ酸配列に注目したエンコーダーモデルを提案する。作成したエンコーダーモデルを、タンパク質ー化合物相互作用予測において優れた性能を発揮したTransformerCPIのエンコーダーとして使用した場合、クラスA GPCRデータセットにおいてオリジナルのモデルより優れた性能を示した。 | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2022-BIO-69, 号 3, p. 1-6, 発行日 2022-03-03 |
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| ISSN | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
| 収録物識別子 | 2188-8590 | |||||||||
| Notice | ||||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||
| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
