タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2021-09-23
• タイトル: タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 津嶋, 佑旗; 柳澤, 渓甫; 大上, 雅史; 秋山, 泰
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 近年，フラグメントと呼ばれる分子量が小さい分子をもとにリード化合物を設計する Fragment-Based Drug Design (FBDD) の方法論が注目されている．なかでも，離れたポケットを占めるフラグメント同士を結合させる Fragment Linking は，複数の結合部位を有効に活用できる利点があるものの，他の FBDD 手法と比べて難しいことが指摘されている．また，距離のあるリンキングへ対応できる汎用的な手法は知られていない．本研究では，長距離のリンキングを可能にするため，リンカーの部品となるリンカー要素を集めたライブラリを予め作成し，その中から複数のリンカー要素を逐次接続し，立体的な配置を探索するフラグメントリンキング手法を提案する．また，リンカー選択に用いる評価関数として，標的とのドッキングスコアを組み込んだ複数の関数を比較検討を行った．その結果，例題として用いたタンパク質チロシンホスファターゼ 1B を標的とした阻害剤設計実験では最大 10.4 Å 離れたフラグメント間のリンキングに成功した．また，リンカー要素の選択に用いる評価関数を 6 種類設計し，それらの効果を検証した．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2021-BIO-67, 号 1, p. 1-8, 発行日 2021-09-23
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会