フラグメントに基づくタンパク質化合物ドッキングへのイジングモデルの適用

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2025-06-14
• タイトル / 言語: ja
• タイトル: フラグメントに基づくタンパク質化合物ドッキングへのイジングモデルの適用
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Application of the Ising model to fragment-based protein-ligand docking
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: バイオ情報学（IPSJ-BIO）2
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京科学大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京科学大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京科学大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Institute of Science Tokyo
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Institute of Science Tokyo
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Institute of Science Tokyo
• 著者名: 中野,諒也; 柳澤,渓甫; 秋山,泰
• 著者名(英): Ryoya Nakano; Keisuke Yanagisawa; Yutaka Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 化合物の部分構造（フラグメント）に注目した「フラグメントに基づくタンパク質化合物ドッキング計算手法」(fragment-based protein-ligand docking)が研究されている．フラグメントに基づくドッキング計算を，多数のフラグメント配置候補から有望な配置を選抜する戦略として表現した場合，これはNP困難な組み合わせ最適化問題である．近年注目されている計算手法である量子アニーリングでは，組合せ最適化問題を高速に解ける技術として期待されており，創薬分野での応用も研究されている．ドッキング計算を組合せ最適化問題としてモデル化し量子アニーリングを用いて解いた研究が存在する(Yanagisawa et al.，2024)が，評価実験がALDRタンパク質と既知阻害剤の1セットのみで行われていることなどいくつかの問題があった．本研究では，Yanagisawaらの手法を用いて，評価実験対象をALDRタンパク質化合物セットだけでなくDUD-E diverseサブセットから選んだ4件を加えた，合計5種類のタンパク質化合物セットでリドッキング実験を行った．実験結果としては，ALDRタンパク質ではリドッキングに成功した一方，他4件のタンパク質化合物セットでは共結晶構造と十分類似したドッキング結果が得られなかった．したがって様々なタンパク質化合物セットに対して手法を適用するためには，フラグメント配置候補の絞り込みやハミルトニアンの構成方法などの改良が必要であることがわかった．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2025-BIO-82, 号 46, p. 1-8, 発行日 2025-06-14
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会