フラグメントの類似性を考慮した化合物立体配座検索システムの構築

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2025-02-27
• タイトル / 言語: ja
• タイトル: フラグメントの類似性を考慮した化合物立体配座検索システムの構築
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京科学大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京科学大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京科学大学情報理工学院情報工学系／東京科学大学中分子IT創薬研究推進体(MIDL)
• 著者所属: 東京科学大学情報理工学院情報工学系／東京科学大学中分子IT創薬研究推進体(MIDL)
• 著者名: 齋藤,那哉; 清水,正義; 柳澤,渓甫; 秋山,泰
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 構造ベースのバーチャルスクリーニングでは，高速化が重要な課題となっている．その解決策の一つとして，フラグメントに基づくドッキング計算が注目されている．しかし，化合物ごとに逐次ドッキング計算を行う従来の手法では，化合物数に比例した計算時間を要するため，大規模な化合物ライブラリへの適用は困難である．そこで，本研究では，フラグメントを起点としたスクリーニング手法が高速化に寄与すると考え，その基盤となる化合物立体配座検索システムを構築した．提案手法では，標的タンパク質に対するドッキングスコアの良いフラグメントペアとそれらの重心間距離を入力として，それを満たす化合物を検索している．さらに本システムでは，フラグメントの完全一致に加え，類似フラグメントを考慮することで，多様な化合物の出力を可能にしている．提案手法をプレスクリーニングに適用する評価実験では，従来のドッキング計算と比較して平均約9.3倍の高速化を達成した．なお，バーチャルスクリーニングの精度は標的依存であり，入力する代表フラグメントの選択がスクリーニング結果に大きく影響すると考えられる．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2025-BIO-81, 号 12, p. 1-8, 発行日 2025-02-27
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者: 情報処理学会