| Item type |
SIG Technical Reports(1) |
| 公開日 |
2019-06-10 |
| タイトル |
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タイトル |
HT-SELEX法を用いた核酸アプタマー推定のためのクラスタリング手法の高速化 |
| タイトル |
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言語 |
en |
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タイトル |
Accelerating a clustering method for aptamer estimation using HT-SELEX |
| 言語 |
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言語 |
jpn |
| 資源タイプ |
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資源タイプ識別子 |
http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh |
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資源タイプ |
technical report |
| 著者所属 |
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東北大学大学院情報科学研究科 |
| 著者所属 |
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NECソリューションイノベータ株式会社／東北大学大学院情報科学研究科 |
| 著者所属 |
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東北大学大学院情報科学研究科 |
| 著者所属 |
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NECソリューションイノベータ株式会社 |
| 著者所属 |
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NECソリューションイノベータ株式会社 |
| 著者所属 |
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NECソリューションイノベータ株式会社 |
| 著者所属 |
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NECソリューションイノベータ株式会社 |
| 著者所属 |
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東北大学大学院情報科学研究科 |
| 著者名 |
小野, 貴義
加藤, 信太郎
伊藤, 康一
皆川, 宏貴
堀井, 克紀
白鳥, 行大
和賀, 巌
青木, 孝文
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| 論文抄録 |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
アプタマーは，高親和性・特異性により標的分子と結合する核酸分子のことであり，Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX)法と次世代シーケンシング(Next-Generation Sequencing: NGS)を組み合わせたHigh-Throughput SELEX (HT-SELEX)法を用いて核酸ライブラリの中から選択される．HT-SELEX法から得られる大量の配列データには，標的に対する親和性が低い配列も多く含まれている．それらの中からアプタマー候補を選択するために，Fast Motif-Based Clustering method (FMBC)を開発した．FMBCにおいてモチーフ推定が全体の処理時間の大半を占めるが，各モチーフのスコア算出が互いに独立であるため，並列化が可能である．本研究では，並列処理によりFMBCを高速化する．公開データを用いた評価実験により，従来よりも最大で約50倍に高速化したことを示す． |
| 書誌レコードID |
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収録物識別子タイプ |
NCID |
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収録物識別子 |
AN10505667 |
| 書誌情報 |
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）
巻 2019-MPS-123,
号 50,
p. 1-6,
発行日 2019-06-10
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| ISSN |
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収録物識別子タイプ |
ISSN |
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収録物識別子 |
2188-8833 |
| Notice |
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SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. |
| 出版者 |
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言語 |
ja |
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出版者 |
情報処理学会 |
IPSJ-MPS19123050.pdf (430.5 kB)
