共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2018-06-06
• タイトル: 共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Development of an efficient protein-ligand docking method for virtual screening by reuse of fragments
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: BIO一般セッション
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系／産業技術総合研究所産総研・東工大実社会ビッグデータ活用オープンイノベーションラボラトリ
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系／東京工業大学科学技術創成研究院スマート創薬研究ユニット
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系／東京工業大学科学技術創成研究院スマート創薬研究ユニット
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology / AIST-Tokyo Tech Real World Big-Data Computation Open Innovation Laboratory (RWBC-OIL), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology / Advanced Computational Drug Discovery Unit (ACDD), Institute of Innovative Research, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology / Advanced Computational Drug Discovery Unit (ACDD), Institute of Innovative Research, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 久保田, 陸人; 柳澤, 渓甫; 大上, 雅史; 秋山, 泰
• 著者名(英): Rikuto, Kubota; Keisuke, Yanagisawa; Masahito, Ohue; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 創薬研究では数百万 ～ 数億件というきわめて多数の化合物群を扱う必要があり，ドッキング計算の高速化が求められている．本報告では，化合物の多くが共通な部分構造を持つことに着目し，それらの計算結果を再利用することにより高速なドッキングツールを開発した．ヒューリスティックによる化合物の評価順序の変更や，オフラインキャッシュ問題を高速に解くことによるメモリ戦略の最適化により計算結果の再利用効率を改善し，改善前に比べ精度を落とすことなく約 1.8 倍の高速化を実現した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In drug discovery research, it is necessary to explore a large compound database composed of several millions of compounds, thus acceleration of docking calculation is greatly demanded. Reuse of calculation results is one of feasible ways to accelerate. In this report, we focused on the fact that many of the compounds have common substructures, and developed a high speed docking tool by reusing the calculation results of substructures. By reordering the order of evaluation of compounds by a heuristic method and optimizing memory strategy by solving offline cache problem at high speed, it is possible to improve the reuse efficiency of the calculation results and the calculation speed was increased about 1.8 times faster.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2018-BIO-54, 号 42, p. 1-8, 発行日 2018-06-06
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会