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アイテム
タンパク質ドメイン構成に基づくプロテオーム圧縮
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/103135
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/10313509257e35-39fa-46ed-b7da-a8b92d2e1490
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-MPS14100011.pdf (683.8 kB)
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Copyright (c) 2014 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2014-09-18 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | タンパク質ドメイン構成に基づくプロテオーム圧縮 | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 京都大学 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 京都大学 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 京都大学 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Kyoto University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Kyoto University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Kyoto University | ||||||||
| 著者名 |
林田守広
阮佩穎
阿久津達也
× 林田守広 阮佩穎 阿久津達也
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 生物は進化の過程において，突然変異や組み換えなどによって DNA の塩基配列情報を変化させながらも自らの生命を維持させてきた．生物の持つ情報を DNA の塩基配列とすると，この配列を圧縮することによって大体の情報量を知ることができる．本研究では塩基配列の代わりにタンパク質ドメイン構成に基づき，個体の持つすべてのタンパク質について圧縮する．遺伝子重複や遺伝子融合などの進化現象により同じドメイン構成を持つタンパク質が複数生成されるとすると，複製元のタンパク質を参照することでデータ量を減らすことができる．このような参照によるネットワークは有向ハイパーグラフとなり，多数の参照候補を持つグラフから最小大域木を見つけることで圧縮する．しかし現実的な時間での，ハイパーグラフからの最小大域木の抽出は困難であるので，前処理としてハイパーエッジを削減する発見的な手法を提案する．本手法を数種の生物種に適用した結果，タンパク質進化における遺伝子融合の重要性が示唆された． | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10505667 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 巻 2014-MPS-100, 号 11, p. 1-2, 発行日 2014-09-18 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
