De Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2013-12-04
• タイトル: De Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Memory cost reduction of Velvet by dividing de Bruijn Graphs
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 杉浦, 典和; 石田, 貴士; 秋山, 泰; 関嶋, 政和
• 著者名(英): Norikazu, Sugiura; Takashi, Ishida; Yutaka, Akiyama; Masakazu, Sekijima
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: de Bruijn graph を用いる代表的 de novo アセンブラであるVelvetは，その消費メモリ量の多さが課題とされている．Velvet は大きく 2 つのステップから構成されており，1 つ目のステップについてはハッシュテーブルの分割による消費メモリ量の削減手法が既に提案されている．本稿では後半のステップで Velvet が作成する de Bruijn Graph やその他のデータ構造を分割することで，Velvet の後半の消費メモリ量を削減した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: It is a well-known fact that the memory consumption of Velvet, which is one of the representative de novo assembler based on de Bruijn Graph, is too large. Velvet is composed of two steps, and several methods have been already proposed for decreasing the memory consumption of the first step by dividing the hash table. Here we proposed a graph dividing method. By using this method, we have succeeded to decrease the memory consumption of the latter step of Velvet.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2013-MPS-96, 号 6, p. 1-7, 発行日 2013-12-04
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会