概日周期の正規形微分方程式モデルによる解析

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2012-08-02
• タイトル: 概日周期の正規形微分方程式モデルによる解析
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Linearization of the S-system formalism for the circadian gene regulatory network
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 独立行政法人産業技術総合研究所(AIST)／生命情報工学研究センター(CBRC)
• 著者名: 富永大介
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 原核生物から哺乳類まで、細胞の活動には概日周期変動を示すものが多く知られている。その分子機構についての知識の発展は目覚ましいが、それでも未知の機構が多いと言わざるを得ず、その分子機構を包括する精密な微分方程式(ODE)モデルは、特に哺乳類については現在は得られない。これに正規形ODEモデルを適用することは有効な解析手段となり得るが、モデルフィッティングの非線形性がモデル同定を困難にしている。ここでは、非線形のODEモデルを線形に変換し、遺伝子ネットワーク特有の前提条件を置くことで、モデル同定を線形最小二乗法で解くことができることを示す。また、これにより計算されるS-systemの指数パラメータが時間とともに変化する様子を示す。これはネットワーク構造のダイナミックな変化のモデルとなり得る。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The circadian clock system is one of the most well known system in living cells through procaryotes to mammals. Although knowlegde about the system is growing rapidly, mechanisms of large parts of the system are still unclear. Canonical form ODE models are suitable approach for such systems. The s-system is one of the most established canonical ODE model, however, nonlinearity of the parameter optimization of the s-system should be solve to its application to the circadian system. We show linearization of the s-system that make the least square method applicable to determination of exponential parameters of the s-system, and changes of these paraemters in time, that could be show dynamical changes of the network scheme.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2012-BIO-30, 号 6, p. 1-6, 発行日 2012-08-02
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会