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アイテム
構造トポロジーと複雑ネットワーク特徴量からのタンパク質フォールディング速度予測
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/69667
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/6966780c51d96-5a5f-4fe2-bcf4-06401d85a11c
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO10021031.pdf (205.6 kB)
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Copyright (c) 2010 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2010-06-11 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 構造トポロジーと複雑ネットワーク特徴量からのタンパク質フォールディング速度予測 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Prediction of Protein Folding Rates from Structural Topology and Complex Network Properties | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | eng | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター／Department of Biochemistry and Molecular Biology, Monash University | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 科学技術振興機構さきがけ | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| Institute of Image Processing & Pattern Recognition, Shanghai Jiaotong University | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| Department of Biochemistry and Molecular Biology, Monash University | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産総研生命情報工学研究センター | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University / Department of Biochemistry and Molecular Biology, Monash University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| PRESTO, Japan Science and Technology Agency | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Institute of Image Processing & Pattern Recognition, Shanghai Jiaotong University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Department of Biochemistry and Molecular Biology, Monash University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Computational Biology Research Center, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University | ||||||||
| 著者名 |
宋, 江寧
× 宋, 江寧
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| 著者名(英) |
Jiangning, Song
× Jiangning, Song
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | タンパク質のフォールディング速度を予測することはそのフォールディングを理解に向けて重要なステップのひとつである。私たちはタンパク質の三次元構造から得られる様々な構造トポロジーと複雑ネットワーク特徴量を併用した新規のフォールディング速度予測法を提案する。この提案手法は二状態と多状態タンパク質のフォールディング速度の予測において既存手法より高い精度を示す。この予測モデル （PRORATE） は http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/˜sjn/folding/において利用可能である。 | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Prediction of protein folding rate is an important step towards our further understanding of the protein folding mechanism. We develop a novel approach to predict protein folding rates, which combines a variety of structural topology and complex network properties calculated from protein three-dimensional (3D) structures. The leave-one-out cross-validation (LOOCV) tests indicate that this integrative strategy is more powerful in predicting the folding rates from 3D structures, with the Pearson's Correlation Coefficient (CC) of 0.88, 0.90 and 0.90 for two-state, multi-state and combined protein folding kinetics. The implemented webserver (termed PRORATE) is freely accessible at http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~sjn/folding/. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2010-BIO-21, 号 31, p. 1-6, 発行日 2010-06-11 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
