アライメントアルゴリズムの改良

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2007-09-14
• タイトル: アライメントアルゴリズムの改良
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Improvement of alignment algorithm
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京理科大学理工学部情報科学科
• 著者所属: 東京理科大学理工学部情報科学科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Tokyo University of Science, Department of Information Sciences
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Tokyo University of Science, Department of Information Sciences
• 著者名: 中村, 卓; 佐藤, 圭子
• 著者名(英): Takumi, NAKAMURA; Keiko, SATO
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 動的計画法を用いたアライメントは、配列間の差異を最小にする（あるいは配列間のスコアを最大にする）ようなアライメント結果を得ることができる。しかし、そのアライメント結果が複数生じる場合があり、その結果から最も確からしいと思われる一つを選択する方法はまだ確定していない。また、各アミノ酸間（あるいは塩基間）やアミノ酸とギャップ間の差異の定義の仕方によって、得られる結果はもちろん異なってくる。したがって、その差異をどのように決定し、かつ適切なアライメント結果を導き出すかが重要となる。そこで、ラマチャンドラン・プロットを基にして、各アミノ酸間の差異を ３ 通りの方法で定義し、それらと、BLOSUM 行列とを組み合わせることで、タンパク質の立体構造と、各アミノ酸のペアの起こりやすさを考慮した差異行列を作成した。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The sequence alignment based on dynamic programming has been done on a principle to give the shortest difference between two sequences (or the maximum score between two sequences). We have a lot of the alignment results having the same value to the difference; however we have not known a criterion which result is most proper. The alignment result is strongly influenced by the way to define the difference between two amino acids (resp., nucleotides) and between an amino acid (resp., a nucleotide) and a gap. Therefore it is important that we decide how to define the difference and find the proper result for the alignment. In this paper, we define the difference between amino acids in three ways on the basis of Ramachandran plot, then we combine these methods with the BLOSUM matrix. That is, we make the difference matrix taking account of the peptide structure and the frequencies of substitution of amino acids in each position.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2007, 号 89(2007-BIO-010), p. 79-86, 発行日 2007-09-14
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会