整数計画と帰還点集合による代謝ネットワークの構造的堅牢性の測定

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2008-09-11
• タイトル: 整数計画と帰還点集合による代謝ネットワークの構造的堅牢性の測定
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Measuring Structural Robustness of Metabolic Networks Using Integer Programming and Feedback Vertex Sets
• 言語: eng
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 京都大学
• 著者所属: 東京大学
• 著者所属: 京都大学
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): University of Tokyo
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Kyoto University
• 著者名: 田村, 武幸; 竹本, 和広; 阿久津, 達也
• 著者名(英): Takeyuki, Tamura; Kazuhiro, Takemoto; Tatsuya, Akutsu
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 代謝ネットワークの堅牢性は、標的化合物を少なくとも一つ合成不能にする為に阻害しなげればならない酵素の最少数で測定することができる。我々はこの問題に対し、帰還点集合 (FVS) を用いて閉路を処理することにより従来の整数計画に基づく方法を改良した。大腸菌の解糖／糖新生、クエン酸回路、ペントースリン酸経路に提案手法を適用したところ、阻害すべき酵素の最適集合を見つけるのに要した時間は 0.23～5.15 秒であり、従来の方法に比べ 7.63～145.82 倍高速であった。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Robustness in metabolic networks can be measured by the minimum number of enzymes to be disrupted so that at least one of the target compounds cannot be synthesized. We developed an improved integer programming-based method for this problem using feedback vertex sets (FVS) to cope with cycles. When applied to E. coli metabolic network consisting of Glycolysis / Gluconeogenesis, Citrate cycle and Pentose phosphate pathway, the proposed method could find an optimal set of enzymes to be disrupted in 0.23~5.15 sec, which are 7.63~145.82 times faster than the previous method.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2008, 号 86(2008-BIO-014), p. 13-16, 発行日 2008-09-11
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会