高速遺伝子配列検索

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 1995-02-07
• タイトル: 高速遺伝子配列検索
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Rapid similarity search algorithm of nucleic acid database
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: （株）日立製作所中央研究所
• 著者所属: （株）日立製作所中央研究所
• 著者所属: （株）日立製作所中央研究所
• 著者所属: （株）日立製作所中央研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Central Research Laboratory, Hitachi, Ltd
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Central Research Laboratory, Hitachi, Ltd
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Central Research Laboratory, Hitachi, Ltd
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Central Research Laboratory, Hitachi, Ltd
• 著者名: 平岡, 進; 西川, 哲夫; 笠原, 直子; 永井, 啓一
• 著者名(英): S., Hiraoka; T., Nishikawa; N., Kasahara; K., Nagai
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 検索配列に類似している配列をデータベースから高速に検索する技術を提案する。遺伝子配列を比較しスコアを求めるダイナミックプログラミング法は、計算量が大きく検索に用いることは困難である。一般的に用いられている遺伝子配列検索プログラムはあらかじめ当りをつけた類似部分周辺だけを調べるため、ダイナミックプログラミング法によれば類似している配列を見逃す可能性がある。本稿ではあらかじめ作成したスコア表を用いて、データベース中のすべての配列に対してスコアの上限値を高速に求める技術を提案する。スコアの上限値に基づいてダイナミックプログラミング法を行う配列を選択することで漏れのない高速遺伝子配列検索が実現できる。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Smith and Waterman dynamic programming algorithm is too computer intensive to be used for database search. Most of the common database search programs use approximate scores to reduce search time instead of Smith and Waterman score. They may miss some sequence similarities. We present an algorithm for database search which uses score table of k-tuples. The method calculates the upper limit of Smith and Waterman score for all database sequences in nearly interactive time. The upper limit enables us to eliminate less similar sequences without missing any sequence similarities.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10114171
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告情報学基礎（FI）; 巻 1995, 号 17(1994-FI-036), p. 9-14, 発行日 1995-02-07
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会