大量ゲノムデータの解析速度を規準としたグリッドコンピューティングの有効性の検証

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2004-01-29
• タイトル: 大量ゲノムデータの解析速度を規準としたグリッドコンピューティングの有効性の検証
• タイトル / 言語: en
• タイトル: How grid computing improves using the processing speed of large - scale sequence alignment?
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京医科歯科大学医歯学総合研究科生命情報学
• 著者所属: 東京医科歯科大学医歯学総合研究科生命情報学
• 著者所属: 東京医科歯科大学難治疾患研究所生命情報学
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): graduate scool, Tokyo Medical and Dental University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): graduate scool, Tokyo Medical and Dental University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Medical Research Institute, Tokyo Medical and Dental Universitv
• 著者名: 五味, 悠一郎; 萩島創一; 田中, 博
• 著者名(英): Yuichiro, Gomi; Soichi, Ogishima; Hiroshi, Tanaka
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: グリッドコンピューティングは、そのシステム上、疎結合型並列処理向きである。一方、生命情報学分野では解析に多重配列整列が用いられる事が多く、小規模演算が大量に繰り返される事から、グリッドコンピューティングに適していると考えられる。そこで、グリッドコンピューティング上で多重配列整列処理を行い、データ量やデータ数、スペック等を変更した場合の処理速度を計測した。その結果をスタンドアロンPC上での処理速度と比較し、有効性の検証をおこなったのでここに報告する。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In a Bio Informatics, large-scale sequence alignment is used for analysis in many cases. As for large-scale sequence alignment, much small-scale operation is repeated. Grid computing is for sparse combination type parallel processing. I think it is suitable for Bio Informatics. In other to measure processing speed, large-scale sequence alignment is performed by grid computing. As compared with the processing speed on Stand-alone PC, validity was verified.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10116224
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告マルチメディア通信と分散処理（DPS）; 巻 2004, 号 9(2003-DPS-116), p. 19-23, 発行日 2004-01-29
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会