組合せ最適化手法による シュードノット構造を含んだRNAの二次構造予測

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 1996-11-26
• タイトル: 組合せ最適化手法による シュードノット構造を含んだRNAの二次構造予測
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Prediction of RNA Secondary Structure Including Pseudoknotting Based on Combinational Optimization
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 電気通信大学電気通信学部電子情報学科
• 著者所属: 電気通信大学電気通信学部電子情報学科
• 著者所属: 電気通信大学電気通信学部電子情報学科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Communications & Systems Engineering, University of Electro - Communications
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Communications & Systems Engineering, University of Electro - Communications
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Communications & Systems Engineering, University of Electro - Communications
• 著者名: 田中, 健夫; 若月, 光夫; 富田, 悦次
• 著者名(英): Takeo, Tanaka; Mitsuo, Wakatsuki; Etsuji, Tomita
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 遺伝子情報解析の問題の一つであるRNAの二次構造予測は、生体現象に関与しているRNAの平面的な近似構造をその配列から予測する問題である。この問題を動的計画法によって効率良く求める手法が既に提案されているが、この手法では部分問題への分割を困難にするシュードノット構造を扱うことは難しい。これに対して、組合せ的手法はシュードノット構造も扱い得るので、本稿では、これをニューラルネットワークを用いて実現し、塩基間結合を平面的に記述するような制約を導入した予測法を提案する。本手法の特徴は、この制約の強度を温度パラメータで制御することによって、ランダムサーチ的な探索からRNAのフォールディングシミュレーションに近い探索へ徐々に移行できることである。これを用いた計算機実験では、実際にシュードノット構造を持つRNA配列に対してその抽出が確認され、本手法の有効性が示された。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Prediction of RNA secondary structure which is one of the major genome informatics problems is to obtain approximated RNA structures that cause various biological phenomena. A solution to this problem using dynamic programming is efficient, but it is difficult to deal with pseudoknotted structures. In dealing with such structures, we apply a neural network approach to this prediction, and we introduce a restriction based on an assumption that base pairings are expressed on a plane without crossing. Our approach is able to change the behavior of the simulation little by little from that of a random search to that of a folding simulation by changing a control parameter. The predicted structures by computer simulations which include actual pseudoknotted structures confirmed that our approach is effective.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 1996, 号 118(1996-MPS-010), p. 25-32, 発行日 1996-11-26
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会