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アイテム
Ｃｅｌｌ プロセッサヘの分子動力学シミュレーションの最適化
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/33017
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/33017e5942dc7-fd87-404d-acfc-539573255799
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-MPS07065010.pdf (376.0 kB)
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Copyright (c) 2007 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2007-06-25 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | Ｃｅｌｌ プロセッサヘの分子動力学シミュレーションの最適化 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Optimization of Molecular Dynamics Simulation on Cell Processor | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | eng | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 奈良女子大学大学院人間文化研究科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 奈良女子大学大学院人間文化研究科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 奈良女子大学大学院人間文化研究科 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Humanities and Sciences Nara Women's University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Computational Biology Research Center, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Humanities and Sciences Nara Women's University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Humanities and Sciences Nara Women's University | ||||||||
| 著者名 |
佐々木, 愛美
× 佐々木, 愛美
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| 著者名(英) |
Manami, SASAKI
× Manami, SASAKI
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 生体分子の機能解析に利用される分子動力学シミュレーションは、疾病に関与するタンパク質の揺らぎの原理を明らかにし、そのタンパク質と結合するペプチドを発見することを期待されている。このようなシミュレーションは、典型的な科学シミュレーションのように大規模で複雑な計算を必要とする。さらに、分子動力学シミュレーションは、フェムト秒単位での正確な計算に基づいている。本論文では、計算時間を短縮するために、分子動力学シミュレーションを ＰＬＡＹＳＴＡＴＩＯＮ3 の Cell Broadband Engine 上で実行し、報告する。 | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Molecular dynamics simulations to analyze biological molecular functions are expected to clarify the principle of fluctuation of a protein that participates in a disease, and to discover peptides that are bound to the protein. Such simulations require large-scale and complicated calculation as typical scientific simulations. Furthermore, the molecular dynamic simulation is based on the calculation precision by femto second. In this paper, we report that a molecular dynamic simulator is implemented on the Cell Broadband Engine in PLAYSTATION3 to reduce the calculation time. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10505667 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 巻 2007, 号 64(2007-MPS-065), p. 37-40, 発行日 2007-06-25 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
