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分散並列相同性検索システムGHOSTZ PW/GFの大規模環境における評価
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/201007
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/201007f21c4cae-eaed-459a-ad89-9e6a530e43d8
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-HPC19172002.pdf (2.0 MB)
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Copyright (c) 2019 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2019-12-11 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | 分散並列相同性検索システムGHOSTZ PW/GFの大規模環境における評価 | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| キーワード | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | 性能評価 | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 筑波大学大学院システム情報工学研究科コンピュータサイエンス専攻 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 筑波大学計算科学研究センター | ||||||||||
| 著者名 |
町田, 健太
× 町田, 健太
× 建部, 修見
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | ゲノムデータは，代表的なビッグデータの一つであり，次世代シーケンサの性能向上や普及により得られるデータの量は年々増大している．ゲノム解析の一つである相同性検索は，未知の DNA 配列をクエリとして，既知の DNA 配列データベースから相同なものを収集する手法であるが，ゲノム解析の過程において従来の手法ではその処理速度がネックになってしまっている．本研究では，分散ファイルシステムである Gfarm と動的なワークフローエンジンである Pwrake を基盤とした分散並列相同性検索システムを提案・実装し，TSUBAME3.0 において評価を行った．結果として，提案システムは高いスケーラビリティを示し，180 ノードを用いた実験ではビルド済みの約 1 億レコードで構成される non redudant DB と約 5 億レコードから構成されるシーケンスデータに対しておよそ 2 時間で相同性検索を実行した． | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AN10463942 | |||||||||
| 書誌情報 |
研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC） 巻 2019-HPC-172, 号 2, p. 1-9, 発行日 2019-12-11 |
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| ISSN | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
| 収録物識別子 | 2188-8841 | |||||||||
| Notice | ||||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||
| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
