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BLASTアルゴリズムのハードウェア化の検討
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/109428
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/10942891b55e25-6dc5-4ec5-949e-e5a149364f8b
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-Z74-1K-5.pdf (653.4 kB)
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Copyright (c) 2012 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | National Convention(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2012-03-06 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | BLASTアルゴリズムのハードウェア化の検討 | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| キーワード | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | アーキテクチャ | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_5794 | |||||||||
| 資源タイプ | conference paper | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 会津大 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 会津大 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 会津大 | ||||||||||
| 著者名 |
石川淑
× 石川淑× 田中飛鳥
× 宮崎敏明
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)は最も有名なシーケンスアライメントツールの一つである。シーケンスアライメントとはタンパク質（またはDNA）データベースから検索対象となるタンパク質（またはDNA）配列を列挙することであり、配列同士の類似部分検索のために使用される。シーケンスアライメントは、生物学上の進化や遺伝子系図を調べる上で重要であることから、バイオインフォマティクス分野では欠かせない情報である。BLASTは、seeding（ステップ1）、ungapped extension（ステップ2）、gapped extension（ステップ3）という3つの処理ステップからなる。ステップ3のgapped extensionではSmith-Waterman アルゴリズムというDP(Dynamic Programming)が使用されており、従来ハードウェアによる多くの高速化手法が提案されている。しかし、BLAST全体をハードウェア化することは行われていない。本稿では、BLASTの高速処理を目指してアルゴリズム全体のハードウェア化を検討したので報告する。 | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AN00349328 | |||||||||
| 書誌情報 |
第74回全国大会講演論文集 巻 2012, 号 1, p. 159-160, 発行日 2012-03-06 |
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| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
