@inproceedings{oai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:00109428,
 author = {石川淑 and 田中飛鳥 and 宮崎敏明},
 book = {第74回全国大会講演論文集},
 issue = {1},
 month = {Mar},
 note = {Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)は最も有名なシーケンスアライメントツールの一つである。シーケンスアライメントとはタンパク質（またはDNA）データベースから検索対象となるタンパク質（またはDNA）配列を列挙することであり、配列同士の類似部分検索のために使用される。シーケンスアライメントは、生物学上の進化や遺伝子系図を調べる上で重要であることから、バイオインフォマティクス分野では欠かせない情報である。BLASTは、seeding（ステップ1）、ungapped extension（ステップ2）、gapped extension（ステップ3）という3つの処理ステップからなる。ステップ3のgapped extensionではSmith-Waterman アルゴリズムというDP(Dynamic Programming)が使用されており、従来ハードウェアによる多くの高速化手法が提案されている。しかし、BLAST全体をハードウェア化することは行われていない。本稿では、BLASTの高速処理を目指してアルゴリズム全体のハードウェア化を検討したので報告する。},
 pages = {159--160},
 publisher = {情報処理学会},
 title = {BLASTアルゴリズムのハードウェア化の検討},
 volume = {2012},
 year = {2012}
}