ベクトル計算機における固体MD計算の高速化

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2001-10-26
• タイトル: ベクトル計算機における固体MD計算の高速化
• タイトル / 言語: en
• タイトル: High Speed Calculation for Solid Molecular Dynamics on Vector Processors
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 日本原子力研究所
• 著者所属: 日本原子力研究所
• 著者所属: 日本原子力研究所
• 著者所属: 日本原子力研究所
• 著者所属: 日本原子力研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Japan Atomic Energy Research Institute
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Japan Atomic Energy Research Institute
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Japan Atomic Energy Research Institute
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Japan Atomic Energy Research Institute
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Japan Atomic Energy Research Institute
• 著者名: 板倉憲, 一; 横川, 三津夫; 清水, 大志; 君塚, 肇; 蕪木, 英雄
• 著者名(英): Ken, IchiItakura; Mitsuo, Yokokawa; Daishi, Shimizu; Hajime, Kimizuka; Hideo, Kaburaki
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 地球シミュレータは，640の計算ノードを持ち理論ピーク性能は40Tflop/s である．プロセッサノードはピーク性能 8Gflop/s のベクトルプロセッサ8個，16GB の共有メモリから構成される．本研究では地球シミュレータの計算ノードによる固体分子動力学法の計算プログラムのベクトル化と並列化を行い性能評価を行った．分子動力学法では，カットオフ半径内の粒子が互いに影響を与え，その粒子ペアを行列を用いて表現することができる．ベクトル化に際して，この行列表現にcompressed row form と jagged diagonal formを考える．jagged diagonal form はベクトル長が compressed row form よりも長くできるので，ベクトル化により適している．しかし，標準的な粒子対の情報から jagged diagonal form に変換するには時間がかかるため，全体の性能はより簡単な compressedrow from よりも低下した．compressed row form では8CPUでの並列化により 2.4 から 2.7 倍のスピードアップとなった．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The Earth Simulator which is under development has 640 processor nodes and its peak performance is 40 Tflop/s. Each node has 8 vector processors, each of which has 8 Gflop/s peak performance, and 16GByte shared main memory. In this study, we have evaluated performance of solid molecular dynamics simulation on an SMP node of the Earth Simulator. In molecular dynamics simulation, each particle is influenced by all particles within a cut-off region and the representation of these pairs of particles is made by a matrix. Two matrix representations, compressed row form and jagged diagonal form, are considered for vectorization. The jagged diagonal form is better than the compressed row form in performance on a vector processor for the force calculation of every pairs, because the vector length of the former is longer than that of the latter. However, computational cost for converting the normal matrix form to the jagged diagonal form is quite expensive and the total performance in using the jagged diagonal form is low. with the jagged diagonal form is obtained. Speedup by parallelization with the compressed row form is 2.4 to 2.7 with 8 vector processors.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10463942
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）; 巻 2001, 号 102(2001-HPC-088), p. 67-72, 発行日 2001-10-26
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会