@techreport{oai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:00092655,
 author = {小幡, 康文 and 石田, 貴士 and 夏目, 徹 and 秋山, 泰 and Yasufumi, Obata and Takashi, Ishida and Tohru, Natsume and Yutaka, Akiyama},
 issue = {13},
 month = {Jun},
 note = {タンパク質タンデム質量分析は生命科学や創薬などの分野で幅広く利用されている．近年は機器の高速化により，時間当たりで得られるスペクトルの量が増加し，更にタンパク質データベースサイズも増加している．そのためスペクトルの解析に高速な計算機が必要となっている．本研究では，質量分析プログラムであるCoCoozoを対象に質量分析の高速化を図り，アルゴリズムの改良と，それに加えてマルチスレッド化とGPGPU化の実装も行った．その結果，プレカーサ情報が有る場合の解析について，従来に比べて8.9倍の高速化を実現した．更に，プレカーサ情報が無い場合の解析について，12コアCPUを用いた場合で従来に比べて15.9倍，さらにGPUを用いた場合で，従来に比べて18.1倍の高速化を実現した．, Tandem mass spectrometry, a method involving multiple steps of mass spectral selection, is widely used in various biological fields. In recent years, steady improvements have been made with respect to speed, and the number of protein databases available for analysis has rapidly increased. Consequently, computational analysis has become the bottleneck in tandem mass spectrometry. To overcome this problem, we attempted to improve the tandem mass spectrometry analysis software CoCoozo. To accelerate the program, we improved the algorithm and also incorporated utilization of multi-core CPU and GPGPU. As a result, when all mass spectral data files had precursor data, we achieved 8.9-fold speedups compared with the original software. In addition, in the case of no precursor data, by using a 12-core CPU and a GPU card we achieved 18.1-fold speedups compared with the original software.},
 title = {GPGPUによるタンパク質タンデム質量分析の高速化},
 year = {2013}
}