WEKO3
アイテム
構造モデルに基づく塩基配列からのboxC/D型snoRNA遺伝子検出法
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/83743
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/83743de7aade1-acfa-49e0-9bdf-fa06938eb57e
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-MPS12090021.pdf (324.1 kB)
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Copyright (c) 2012 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2012-09-12 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 構造モデルに基づく塩基配列からのboxC/D型snoRNA遺伝子検出法 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | A Structure Model Based Method to Detect boxC/D type snoRNA Genes from DNA Sequences | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 宮崎大学工学教育研究部 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| ソフトバンク株式会社 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 宮崎大学フロンティア科学実験総合センター | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 宮崎大学名誉教授 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Faculty of Engineering, University of Miyazaki | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| SOFTBANK CORP. | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Department of computational biology, Graduate School of Frontier Science, University of Tokyo | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Frontier Science Research Center, University of Miyazaki | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Emeritus Professor, University of Miyazaki | ||||||||
| 著者名 |
山森, 一人
薛, 晨
岩切, 淳一
剣持, 直哉
吉原, 郁夫
× 山森, 一人 薛, 晨 岩切, 淳一 剣持, 直哉 吉原, 郁夫
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| 著者名(英) |
Kunihito, Yamamori
Xue, Chen
Junichi, Iwakiri
Naoya, Kenmochi
Ikuo, Yoshihara
× Kunihito, Yamamori Xue, Chen Junichi, Iwakiri Naoya, Kenmochi Ikuo, Yoshihara
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | boxC/D 型 snoRNA の一次構造，および二次構造を考慮した構造モデルに基づき，同遺伝子を高精度に検出する手法を提案する．提案手法では， boxC/D 型 snoRNA が持つ特徴的な塩基配列であるボックスと，ステム構造とよばれる相補塩基対で構成された二次構造の双方に着目し，ボックス存在位置等にモデルに基づく制約を課すことで高精度に snoRNA 遺伝子を検出する．実験により，提案手法は 97.5% の精度で boxC/D 型 snoRNA 遺伝子を検出できることを示した． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | This paper proposes a method to detect boxC/D type snoRNA genes using structure model that consisting with characteristic base sequences and secondary structure. Our method utilizes both characteristic sequences called as boxes and secondary structure called as stems. We develop a structure model of boxC/D type snoRNA from actual sequences, and also determine a sequence include a boxC/D type snoRNA gene or not based on the matching ratio of the sequence and the model. Our method achieves 97.5% detection ratio. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10505667 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 巻 2012-MPS-90, 号 21, p. 1-6, 発行日 2012-09-12 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
