@techreport{oai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:00079763,
 author = {宋, 剛秀 and 井上, 克巳 and 馬場, 知哉 and 高田, 豊行 and 城石, 俊彦 and Takehide, Soh and Katsumi, Inoue and Tomoya, Baba and Toyoyuki, Takada and Toshihiko, Shiroishi},
 issue = {7},
 month = {Jan},
 note = {本稿では KEGG や Ecocyc などの生物学的知識データベースを利用し，遺伝子欠損が細胞の生育に与える影響を予測する方法を提案する．提案手法では遺伝子が欠損された代謝パスウェイをデータベースから構築し，与えられた初期代謝物から目標代謝物を生成する極小なパスウェイを列挙することによって遺伝子欠損影響の予測を行う．予測結果は大腸菌の単一遺伝子欠損株の生育データを含む慶應コレクションと比較を行い，結果として解糖系における 3 つの必須遺伝子を予測することに成功した．, In this paper, we propose a method to predict gene knockout effects for the cell growth by utilizing biological databases such as KEGG and Ecocyc. We construct metabolic pathways with knockout genes from the two databases and predict gene knockout effects by enumerating all minimal active pathways, which are minimal subsets of a given network using source metabolites to produce target metabolites. To evaluate our method, we apply it to the glycolysis pathway on Escherichia coli. In the results, our method predicts three out of four essential genes, which are confirmed by the Keio collection containing comprehensive cell growth data obtained from biological experiments.},
 title = {極小活性パスウェイの列挙を用いた大腸菌における遺伝子欠損の影響予測},
 year = {2012}
}