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アイテム
遺伝子転写制御領域を利用した遺伝子群の共通性探索について
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/71547
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/71547bca93e55-ba3c-4d85-b996-b30e33b5052d
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO10023019.pdf (273.2 kB)
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Copyright (c) 2010 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2010-12-09 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 遺伝子転写制御領域を利用した遺伝子群の共通性探索について | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Classification of Gene Groups Based on Transcriptional Regulation Region and its application | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京理科大学大学院薬学研究科薬学専攻 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京理科大学薬学部生命創薬科学科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京理科大学薬学部生命創薬科学科 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Tokyo university of Science | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Faculty of Pharmaceutical Sciences, Tokyo University of Science | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Faculty of Pharmaceutical Sciences, Tokyo University of Science | ||||||||
| 著者名 |
赤坂, 志津
權娟大
宮崎, 智
× 赤坂, 志津 權娟大 宮崎, 智
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| 著者名(英) |
Shizu, Akasaka
Yeondae, Kwon
Satoru, Miyazaki
× Shizu, Akasaka Yeondae, Kwon Satoru, Miyazaki
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | マイクロアレイを用いた生化学的実験によって見つけられた共発現する遺伝子を転写因子群から分類する手法を考える．本研究では，シスエレメントの共起性を利用して，共発現遺伝子の共通性を見いだし，転写制御の観点から関連性の最も高い遺伝子をグループ化することを目的とする．まず，散在したシスエレメント情報からシスエレメント群を遺伝子ごとにシスモジュールとして統合し，それらのデータを格納した Cis-Module Database （Cis-DB） を構築する．次に，Cis-DB より得られた転写因子の共起性情報に対して，相互情報量を用いた遺伝子のクラスタリングを行う．実験の結果，転写制御機構に関連性の高いと考えられる遺伝子群をグループ化することができた． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | In microarray-based gene expression analysis, it is difficult to identify transcriptional factors (TFs) involved in co-expression only by biochemical experiments. Our aim is to group genes having strongest connection in view of cis-element pattern related to co expressed genes. First, we grouped together cis-element per gene as cis-modules and constructed Cis-Module Database (Cis-DB). Then, we applied mutual information criteria to co-occurrence of TFs obtained from Cis-DB. As an experimental result, we can cluster gene groups which are involved in a same transcriptional regulation mechanism. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2010-BIO-23, 号 19, p. 1-6, 発行日 2010-12-09 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
