オリゴヌクレオチド組成を用いた一括学習型自己組織化地図法によるA型インフルエンザウイルスの俯瞰的な特徴解明

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2009-09-10
• タイトル: オリゴヌクレオチド組成を用いた一括学習型自己組織化地図法によるA型インフルエンザウイルスの俯瞰的な特徴解明
• タイトル / 言語: en
• タイトル: A novel informatics and visualization method to analyze all influenza A virus genomes on the basis of Batch-Learning Self-Organizing Map
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: Session 2
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 長浜バイオ大学
• 著者所属: 長浜バイオ大学
• 著者所属: 長浜バイオ大学
• 著者所属: 長浜バイオ大学
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
• 著者名: 岩崎, 裕貴; 池村, 淑道; 伊藤, 正恵; 阿部, 貴志
• 著者名(英): Yuki, Iwasaki; Toshimichi, Ikemura; Masae, Itoh; Takashi, Abe
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: A 型インフルエンザウイルスの全ゲノム配列を対象に，オリゴヌクレオチド組成を基にゲノム配列の俯瞰的な特徴把握が可能な BLSOM 解析を行った．宿主・セグメント・サブタイプを反映して分離 (自己組織化) しており，これらの分離に寄与している特徴的なオリゴヌクレオチド頻度を知ることができ，宿主や亜型の特徴，感染性や毒性などに関連した特徴，時系列的な変化を効率的に把握することが可能となった．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: We used Batch-Learning Self-Organizing Map (BLSOM) for oligonucleotide frequencies (e.g., tri-, tetra-, and pentanucleotides) to clarify features of influenza A virus genomes. Eight fragments were separated (self-organized) from each other. When we focused on each segment, separation according to host (human, avian, etc.), subtype (H1N1, H2N2, etc.) and epidemic year was observed, visualizing diagnostic oligonucleotides responsible for the separation.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2009-BIO-18, 号 5, p. 1-6, 発行日 2009-09-10
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会