ペア確率多重文脈自由文法によるシュードノットつきRNA2次構造予測

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2009-02-26
• タイトル: ペア確率多重文脈自由文法によるシュードノットつきRNA2次構造予測
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Prediction of RNA Secondary Structure with Pseudoknots Using Pair Stochastic Multiple Context-Free Grammar
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
• 著者所属: 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
• 著者所属: 奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology
• 著者名: 田中, 翔; 加藤, 有己; 関, 浩之
• 著者名(英): Sho, Tanaka; Yuki, Kato; Hiroyuki, Seki
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: シュードノットを含むＲＮＡの２次構造予測に対するアプローチとして，文脈自由文法(CFG)より表現能力の高い形式文法(MCFQTAG等)の構文解析アルゴリズムに基づく手法が提案されている。また，汎用性と精度の向上を目指し，複数の１次構造同士の比較解析に基づく２次構造予測法もいくつか提案されている。本稿では，比較解析ができるようにMCFを拡張したペア確率多重文脈自由文法(Pair-SMCFG)を新たに定義し，これに基づくRNAの２次構造予測法を提案する。長さ70程度のRNA配列に対して２次構造予測を行ったところ，RNAの特定のファミリーに対する文法の特化を全く行わないという条件下であっても，適合率63.2％，再現率62.0％という結果を得た。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Several methods for the prediction of RNA secondary structure including pseudoknots have been proposed based on parsing algorithms for formal grammars such as MCFG and TAG, of which generative power is greater than CFG. Also, comparative sequence analysis, which compares several RNAs and predicts their secondary structures, is a promissing approach. In this paper, we define pair-stochastic multiple context-free grammar (Pair-SMCFG) and propose a prediction method based on Pair-SMCFG. Pair-SMCFG is an extension of MCFG for comparative sequence analysis. Experimential results show that for RNA which have about 70 bases, the precision and recall of our algorithm are 63.2% and 62.0% respectively.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2009, 号 25(2009-BIO-16), p. 37-40, 発行日 2009-02-26
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会