SLC トランスポータータンパク質の網羅的データベースの構築と基質特異的モチーフによる機能部位予測

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2007-09-13
• タイトル: SLC トランスポータータンパク質の網羅的データベースの構築と基質特異的モチーフによる機能部位予測
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Construction of exhaustive database of SLC transporters and prediction functional site by using substrate specific motifs
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室
• 著者所属: 東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室
• 著者所属: 東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Pharmaceutical research, Tokyo University of Science
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Pharmaceutical research, Tokyo University of Science
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Pharmaceutical research, Tokyo University of Science
• 著者名: 荒川, 貴行; 幸賢二郎; 宮崎, 智
• 著者名(英): Takayuki, ARAKAWA; Kenjiro, YUKI; Satoru, MIYAZAKI
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: SLC (solutecarrier) ファミリー （以下 SLC とする）は様々な臓器に発現し、栄養素を細胞内への取り込みに関与するだけでは無く、薬物の体内動態にも深く関与しているトランスポーターである。トランスポーターをターゲットとした薬物をデザインする場合、輸送基質を認識する部分、つまり機能部位の情報が必要不可欠となる。機能部位情報を得るためにはトランスポーターの立体構造情報が有用であるが、膜タンパク質の立体構造解析は技術的に難しいため、既知の立体構造情報が少なく、トランスポーターをターゲットとした薬物を設計することは困難となっている。そこで、本研究では SLC をターゲットに、立体構造情報に依存しない機能部位予測法を考案した。この手法で予測した結果と実験データを併せた解析により、トランスポーターをターゲットとした創薬に貢献できると考えられる。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: SLC (solute carrier) family is transporter, expressing in various organ, which has close relation to not only delivering nutrient into our body but also disposition of drug. In case of drug design targeting on transporters, it is essential to get information of the functional sites, in other words, the sites to recognize transport substrates. To get information of the functional sites, known 3D structures of transporters are useful. But, structural analysis of membrane proteins is technically difficult. It leads to the lack of 3D structures and makes it hard to design a new drug targeting on transporters. In this study, we propose a novel strategy of predicting functional sites not dependent on structural data. This study is useful to reveal a functional site and will help transporter targeting drug discovery.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2007, 号 89(2007-BIO-010), p. 33-40, 発行日 2007-09-13
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会