タンパク質ヒンジ構造検出のための高速かつ正確なアルゴリズム

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2007-09-13
• タイトル: タンパク質ヒンジ構造検出のための高速かつ正確なアルゴリズム
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Fast and Accurate Algorithms for Protein Hinge Detection
• 言語: eng
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Human Genome Center, Institute of Medical Science, University of Tokyo
• 著者名: 渋谷, 哲朗
• 著者名(英): Tetsuo, SHIBUYA
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: タンパク質構造の類似性を測る尺度として RMSD があるが、本論文では、これをヒンジ構造部分は異なるが、それ以外の部分は類似するようなタンパク質構造の比較に用いることができるように拡張する。本論文では、それを RMSDh と名づけ、これを計算する高速なアルゴリズムを提案する。この RMSDh はヒンジ構造が １ 箇所の場合には線形時間で計算することができることを示す。さらにヒンジ構造が高々 k 箇所の場合には、Ｏ(kn2)時間・Ｏ(n)空間で計算することができることを示す。さらに計算機実験を行い、実際にヒンジ構造を検出することが高速かつ正確にできることを示す。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Analysis of hinge positions in flexible proteins is one of the keys to the understanding of their functions and interactions. The RMSD (Root Mean Square Deviation) is the most popular measure for comparing two protein structures, but it is only for rigid structures without hinge domains. In this paper, we propose a new measure called RMSDh (Root Mean Square Deviation considering hinges) and its variant RMSDh(k) for comparing two flexible proteins with hinge domains. We also propose efficient algorithms for computing them, which can detect the hinge positions at the same time. The RMSDh is suitable for cases where there is one small hinge domain in each of the two target structures. The algorithm for computing the RMSDh runs in linear time, which is same as the time complexity for computing the RMSD and is faster than any of previous algorithms for hinge detection. The RMSDh(k) is designed for comparing structures with more than one hinge domain. The RMSDh(k) measure considers at most k small hinge domains, i.e., the RMSDh(k) value should be small if the two structures are similar except for at most k hinge domains. To compute the value, we propose an O(kn2)-time and O(n)-space algorithm based on dynamic programming. We also test our measures against both flexible protein structures and non-flexible protein structures, and show that the hinge positions can be correctly detected by our algorithms.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2007, 号 89(2007-BIO-010), p. 25-32, 発行日 2007-09-13
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会