遺伝子－蛋白質解析システムGENASについて

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 1986-11-28
• タイトル: 遺伝子－蛋白質解析システムGENASについて
• タイトル / 言語: en
• タイトル: GENAS : A database system for nucleic acid and protein sequence analysis (in Japanease)
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 九州大学農学部農芸化学科
• 著者所属: 九州大学工学部情報工学科
• 著者所属: 九州大学大型計算機センター
• 著者所属: 九州大学遺伝情報実験施設
• 著者所属: 九州大学農学部農芸化学科
• 著者所属: 九州大学大型計算機センター
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Agricultural Chemistry, Kyushu University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science and Communication Engineering, Kyushu University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Computer Center, Kyushu University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Research Laboratory for Genetic Information, Kyushu University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Agricultural Chemistry, Kyushu University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Computer Center, Kyushu University
• 著者名: 久原, 哲; 高木, 利久; 二村, 祥一; 榊, 佳之; 林, 勝哉; 松尾, 文碩
• 著者名(英): Satoru, Kuhara; Toshihisa, Takagi; Syouichi, Futamura; Yoshiyuki, Sakaki; Katuya, Hayashi; Fumihiro, Matsuo
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 遺伝子?蛋白質解析システムGENASはAdbisをDBMSとしてEMBL Nucleotide Sequence Data Library，Gen Bank，NBRF Protein Data Bankをデータベースとし応用プログラムの実行環境をもつデータベースシステムである。検索機能だけでなく，情報処理機能をもつことにより配列解析に有効であり，同時に個人の配列に対しても同様の解析ができることによりその応用範囲は広い。GENASに登録されている応用プログラムは挿入欠出を含む文字列の高速検索や長大配列の2次構造推定などがあり有効な解析ができるようになっている。霊長類の反復配列であるL1ファミリーの遺伝子，蛋白質の構造解析を行なった。その結果，相同性の高い領域が存在することが明らかとなり，同時にコードしている蛋白質がウィルスのRNA依存性DNAポリメラーゼと相同性があった。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: A database system named GENAS, (GENe and protein Analyzing System) for computer analysis of sequence was constructed using a duductive DBMS called Adbis which manages integrated database GENEDB and application programs. GENAS enables us to retrieve any sequence data from EMBL nucleotide sequence data library, GenBank and NBRF protein sequence databank, and readily to analyze them (if necessary, together with private data). Homology search program in application uses Wilber and Lipman's fast algorithm which allows insertion and deletion between a private sequence and database sequence. Second structure of large RNA sequence can be estimated by dynamic programing algorithm. L1 family of repetitive DNA sequences in primate were analyzed homology among sequences using GENAS. Members showed a high homology among each other and long open reading frame in L1 family sequence has siginficant sequence homology to several RNA-dependent polymerase of virus.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10114171
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告情報学基礎（FI）; 巻 1986, 号 81(1986-FI-003), p. 1-9, 発行日 1986-11-28
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会