結合編集ソフトウエアShotgunの評価

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 1995-02-07
• タイトル: 結合編集ソフトウエアShotgunの評価
• タイトル / 言語: en
• タイトル: A Method for the Test of Sequence Assembly Software
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 理化学研究所ライフサイエンス研究情報室
• 著者所属: 理化学研究所ライフサイエンス研究情報室
• 著者所属: 理化学研究所ライフサイエンス研究情報室
• 著者所属: 理化学研究所ライフサイエンス研究情報室
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): The Institute of Physical and Chemical Research (RIKEN)
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): The Institute of Physical and Chemical Research (RIKEN)
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): The Institute of Physical and Chemical Research (RIKEN)
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): The Institute of Physical and Chemical Research (RIKEN)
• 著者名: 王, 忠清; 村上, 康文; 浴, 俊彦; 菅原, 秀明
• 著者名(英): Zhongqing, Wang; Yasufumi, Murakami; Toshihiko, Eki; Hideaki, Sugawara
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: ゲノムプロジェクトにおいて、DNAシークエンサーから読まれてくる数多くのDNA断片を、それらの間の重複部分配列を利用して、ゲノムの塩基配列を再構成する結合編集システムは重要な役割を果たしている。ここでは、Shotgun（塩基配列フラグメントデー夕の結合編集システム）の評価方法とこの結果について報告する。この方法では43kbのフラグメントをランダムで500個の350bから450bまでのフラグメントに切り出して、そして、それらのデータをShotgunにかけ、結果を評価する。この評価によって、Shotgunシステムがヒトゲノム配列を高い精度で再構成できることが示されている。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: We have developed a method for evaluating a sequence assembly software: Shotgun. In this method, a long sequence(43kb) was randomly divided into overlapping 500 fragments and the lengths of these fragments are between 350b to 450b. In addition, various degrees of error were randomly added to these fragments in order to simulate the actual experiment situations. This method is also applicable to the evaluation of other sequence assemble programs.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10114171
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告情報学基礎（FI）; 巻 1995, 号 17(1994-FI-036), p. 31-38, 発行日 1995-02-07
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会