WEKO3
アイテム
Conformational Search and Analysis of Β - hairpin Formation by High - Speed Exhaustive Tree Search
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/33425
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/33425a14f1ecf-ffe7-4a17-858c-e8207c9cc47c
名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
---|---|---|
![]() |
Copyright (c) 2002 by the Information Processing Society of Japan
|
|
オープンアクセス |
Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
公開日 | 2002-09-20 | |||||||
タイトル | ||||||||
タイトル | Conformational Search and Analysis of Β - hairpin Formation by High - Speed Exhaustive Tree Search | |||||||
タイトル | ||||||||
言語 | en | |||||||
タイトル | Conformational Search and Analysis of Β - hairpin Formation by High - Speed Exhaustive Tree Search | |||||||
言語 | ||||||||
言語 | jpn | |||||||
資源タイプ | ||||||||
資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
資源タイプ | technical report | |||||||
著者所属 | ||||||||
NKK Corporation | ||||||||
著者所属 | ||||||||
Computational Biology Research Center (CBRC) National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) | ||||||||
著者所属 | ||||||||
Graduate School of Information Science and Technology Osaka University | ||||||||
著者所属(英) | ||||||||
en | ||||||||
NKK Corporation | ||||||||
著者所属(英) | ||||||||
en | ||||||||
Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) | ||||||||
著者所属(英) | ||||||||
en | ||||||||
Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University | ||||||||
著者名 |
Makoto, Ando
× Makoto, Ando
|
|||||||
著者名(英) |
Makoto, Ando
× Makoto, Ando
|
|||||||
論文抄録 | ||||||||
内容記述タイプ | Other | |||||||
内容記述 | バレル型のタンパク質に多く見られる「チロシンコーナー」と呼ばれる部分構造について,網羅的な立体配座解析によって,その安定性を検証した.我々が提案した立体配座解析モデルは,並列計算機上で高速に動作する網羅的な木探索をベースにしており,原子同士の衝突がなく,かつ,あらかじめ与えられた原子間の距離/角度に関する制約が満たされたあらゆる立体配座を生成する.本モデルは,アミノ酸数残基からなるペプチドの取りうる構造の生成,およびその安定性の解析に強力である. | |||||||
論文抄録(英) | ||||||||
内容記述タイプ | Other | |||||||
内容記述 | We investigate the stability of a conformational motif called tyrosine corner, which is a conformational feature found in most Greek key Beta-barrel proteins, by using an exhaustive conformational search. Our conformational search model is based on an exhaustive tree search that can be performed on a massively parallel computer, and the strong point is that it can rapidly generate feasible conformations of the target peptide depending solely on steric clash detection and distance/angle constraints on the atoms of the target peptide. The proposed method has a great potential to help us understanding the mechanism of folding of a protein, which we could not realize by other methods such as a molecular dynamics or a Monte Carlo simulated annealing. | |||||||
書誌レコードID | ||||||||
収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
収録物識別子 | AN10505667 | |||||||
書誌情報 |
情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決(MPS) 巻 2002, 号 89(2002-MPS-041), p. 33-36, 発行日 2002-09-20 |
|||||||
Notice | ||||||||
SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
出版者 | ||||||||
言語 | ja | |||||||
出版者 | 情報処理学会 |