蛋白質立体構造データベース（PDB）の代表蛋白質決定システムの並列化

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 1997-08-19
• タイトル: 蛋白質立体構造データベース（PDB）の代表蛋白質決定システムの並列化
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Parallelization of the automatic determination system for representative protein chains of the Protein Data Bank (PDB)
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 新情報処理開発機構
• 著者所属: 新情報処理開発機構
• 著者所属: 新情報処理開発機構
• 著者所属: 新情報処理開発機構
• 著者所属: 新情報処理開発機構
• 著者所属: （株）情報数理研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Information and Mathematical Science Laboratory, Inc.
• 著者名: 野口, 保; 秋山, 泰; 鬼塚健太郎; 斎藤, 稔; 安藤, 誠; 志澤由久
• 著者名(英): Tamotsu, Noguchi; Yutaka, Akiyama; Kentaro, Onizuka; Minoru, Saito; Makoto, Ando; Yoshihisa, Shizawa
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 蛋白質立体構造データベース(D)は、近年のX線結晶解析やNMRによる構造解析技術の進歩により、その内容は現在5800エントリー(．4Gbyte)を越え、今後もさらに増え続けると予想されている。しかしながら、冗長性やデータの不完全性のためにPDB全でのエントリーが蛋白質の立体構造の解析に適しているとは言えず、何らかの基準で代表蛋白質を決定する必要がある。この代表を決定するには、各エントリーの内容を調べ、解析に適さない質の悪いデータを除去したり、各エントリーに対して他のエントリーが配列的および立体構造的に類似の蛋白質かどうかを調べあげるなど、膨大な計算が必要となる。さらに、PDBの増加を考慮すると、今後も急速に計算量が増えていく課題である。我々は、これまで開発してきたPDBの代表蛋白質決定システムを、MPIライブラリを用いて並列化し、3種類の並列計算機上でその速度性能を調べた。本研究で実装した並列版では、従来の約10倍の高速化を実現し、およそ2週間を必要としていた代表蛋白質決定処理を2日間で実行できるようになった。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The Protein Data Bank (PDB) is a rich library of atomic-coordinate data of biological macromolecules. The PDB entries has been increasing rapidly by the improvement of X-ray crystallography and NMR experimental techniques, and the number of current entries is more than 5,800 (2.4Gbytes), though not all entries are competent for the purpose of computational protein structure analysis. A lot of entries have insufficiently-refined coordinate data. Thus we have developed a representative chain database PDB-REPRDB, and in this paper we report the MPI-parallelization of our automatic construction system for PDB-REPRDB. Performance evaluation on three parallel computers is also reported. Now that a calculation of a representative set can be done with in 2 days rather than 2 weeks, with 10-folds speed-up achieved in this study.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10463942
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）; 巻 1997, 号 75(1997-HPC-067), p. 31-36, 発行日 1997-08-19
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会