WEKO3
アイテム
並列木探索を用いたタンパク質立体配座解析システムの構築
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/29644
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/29644372c479d-4901-469d-9ac8-45573126de25
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-HPC98072008.pdf (667.3 kB)
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Copyright (c) 1998 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 1998-08-06 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 並列木探索を用いたタンパク質立体配座解析システムの構築 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Parallel Tree Search - based Protein Conformation Analysis System | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者名 |
安藤, 誠
秋山, 泰
鬼塚健太郎
野口, 保
× 安藤, 誠 秋山, 泰 鬼塚健太郎 野口, 保
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| 著者名(英) |
Makoto, Ando
Yutaka, Akiyama
Kentaro, Onizuka
Tamotsu, Noguchi
× Makoto, Ando Yutaka, Akiyama Kentaro, Onizuka Tamotsu, Noguchi
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 我々は，以前に行った0-1ナップサック問題を解く並列プログラムの実装で得られた知見をもとに，より実用的で大規模な本探索問題であるタンパク質立体配座解析問題を解くシステムを構築した．本システムでは，回転可能なすべての共有結合を回転させ，それによって得られるすべての立体配座異性体について実際に存在可能かどうかを調べあげる網羅的手法を採用した．本手法により，アミノ酸1残基レベルについて，高精度の解析結果を得ることができた．また，探索の並列化によって速度を向上させることにも成功した．タスク管理の処理と木探索処理を別のプロセスに行わせることによって，処理のオーバーラップによる高速化も実現された．今後は，本成果を階層的なアプローチによって拡張し，創薬分野において重要なアミノ酸3?7残基程度の立体配座解析を目指す． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | We have developed the Parallel Protein Conformation Analysis System, based on our implementation techniques used in parallel tree search programs. We employed an exhaustive search method for conformation search, rotating all the rotatable bonds by specified grain. We have implemented the system, and succeeded in analyzing the conformations of 20 amino acids individually. The parallel version of our program showed good speedups over the sequential version. We also succeeded in overlapping task management operations onto tree search operations by assigning them to multiple processes. We are aiming at analyzing the conformations of several amino acids that is useful in drug design. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10463942 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC） 巻 1998, 号 72(1998-HPC-072), p. 43-48, 発行日 1998-08-06 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
