グリッド環境下における並列分子運動力学ポータルサイトの構築

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2003-10-16
• タイトル: グリッド環境下における並列分子運動力学ポータルサイトの構築
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Construction of a Portal Site for MD Stencil on the Grid
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 産業技術総合研究所グリッド研究センター
• 著者所属: 日本原子力研究所計算科学技術推進センター
• 著者所属: 産業技術総合研究所グリッド研究センター
• 著者所属: 産業技術総合研究所グリッド研究センター
• 著者所属: 日本原子力研究所計算科学技術推進センター
• 著者所属: 理化学研究所情報基盤センター
• 著者所属: 理化学研究所情報基盤センター
• 著者所属: 日本電気株式会社
• 著者所属: 株式会社 NEC 情報システムズ
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Grid Technology Research Center, AIST
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Center for promotion of Computational Science and Engineering. JAERI
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Grid Technology Research Center, AIST
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Grid Technology Research Center, AIST
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Center for promotion of Computational Science and Engineering. JAERI
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Advanced Center for Computing and Communication, RIKEN
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Advanced Center for Computing and Communication, RIKEN
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): NEC Corporation
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): NEC Informatec Systems,Ltd.
• 著者名: 山本, 直孝; 清水, 大志; 横川, 三津夫; 関口, 智嗣; 蕪木, 英雄; 姫野, 龍太郎; 黒川, 原佳; 武井, 利文; 松本, 秀樹
• 著者名(英): Naotaka, Yamamoto; Futoshi, Shimizu; Mitsuo, Yokokawa; Satoshi, Sekiguchi; Hideo, Kaburaki; Ryutaro, Himeno; Motoyoshi, Kurokawa; Toshifumi, Takei; Hideki, Matsumoto
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 大規模な科学技術計算を行う場合には，普段使い慣れない大型計算機環境を利用することはしばしばある．しかし，ジョブを実際に投入するためにはローカルなルールにしたがってコンパイルや実行を行なわなければならない．グリッド技術を用いればこれらの手順を一部簡略化することが可能である．さらに，グリッドにおける汎用PSE構築キットであるGrid PSE Builderを用いることによりユーザはウェブブラウザのみを介してジョブの実行を行なうことが可能となる．さらに，ジョブの途中経過をグラフィカルに表示することで，キャンセルや再投入の判断材料にすることが出来る．そこで，本研究ではGrid PSE Builderを用いて，並列分子運動力学計算ポータルサイトをウェブアプリケーションとして実装し，銅結晶中の転移ループの拡張による構造化過程シミュレーション計算を行って，その有用性を確認した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: We have to access a computer center which has supercomputers or large-scale cluster systems to carry out large-scale scientific computations. However, these are not familiar for us to execute the job at the center and therefore a delay of research might be occurred. We can build a portal site for scientific researchers to provide friendly computational environments. In this study, we have constructed a portal site for molecular dynamics (MD) simulations with two application components by using the Grid PSE Builder, which is a developing framework for grid-enabled problem solving environment (Grid PSE). Two components are a MD simulation component by using the parallel MD Stencil and an image generator for snapshots by MD simulations. PSE users can choose one of the components, and then jump to job submission page, job status page, and results download page in this portal site. An image generator provides a monitoring feature of a simulation as an animation on the web browser. We have confirmed the effect of the portal by applying it to a simulation of intrinsic transformation of vacancy dislocation loop in copper crystal.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10463942
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）; 巻 2003, 号 102(2003-HPC-096), p. 55-60, 発行日 2003-10-16
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会