SBML対応細胞シミュレータ環境の構築

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2005-01-25
• タイトル: SBML対応細胞シミュレータ環境の構築
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Design of cellular simulation platform for SBML model
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 慶應義塾大学理工学部
• 著者所属: 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
• 著者所属: 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
• 著者所属: 長崎大学工学部情報システム工学科
• 著者所属: 長崎大学工学部情報システム工学科
• 著者所属: 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
• 著者所属: 慶應義塾大学理工学部
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Faculty of Science and Technology Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Technology Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Technology Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Technology Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Kitano Symbiotic Systems Project ERATO-SORST Japan Science and Technology Agency
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Kitano Symbiotic Systems Project ERATO-SORST Japan Science and Technology Agency
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Dept. of Computer and Information Sciences Nagasaki University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Dept. of Computer and Information Sciences Nagasaki University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Kitano Symbiotic Systems Project ERATO-SORST Japan Science and Technology Agency
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Faculty of Science and Technology Keio University
• 著者名: 岩岡, 洋; 長名, 保範; 福島, 知紀; 吉見, 真聡; 舟橋, 啓; 広井, 賀子; 柴田, 裕一郎; 岩永, 直樹; 北野, 宏明; 天野, 英晴
• 著者名(英): Yow, Iwaoka; Yasunori, Osana; Tomonori, Fukushima; Masato, Yoshimi; Akira, Hunahashi; Noriko, Hiroi; Yuichiro, Shibata; Naoki, Iwanaga; Hiroaki, Kitano; Hideharu, Amano
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 近年、細胞内の化学反応機構のシミュレーションに関する研究が盛んである。しかし、大規模なモデルを扱う場合、膨大な計算時間を要するため、FPGAを用いてシミュレーションを高速化する研究が行われている。これまでに開発された多くのシミュレータは、SBMLと呼ばれるモデル記述言語が標準的に利用しており、互換性を保つことが重要である。本研究報告では、SBMLで記述されたモデルをFPGAで記述されたモデルをFPGA上での効率的な処理を行うシミュレーション環境のための一部ソフトウェアを実装し、評価を取った。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Computer simulation in widely used in biochemistry research. However, simulating large-scale model requires a large computational time. To reduce it, we have been developing a FPGA-based high-speed simulator, but previous research mainly forcues on high speed implementation, and standard model for description has not been prepared. SBML model, that is a standard modeling language for biochemical networks, has been popular in many software simulator. In this reseach report, an environment of FPGA-based simulator which can use SBML for modeling is implemented and evaluated.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA11451459
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告システムLSI設計技術（SLDM）; 巻 2005, 号 8(2004-SLDM-118), p. 63-68, 発行日 2005-01-25
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会