データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2006-01-18
• タイトル: データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討
• タイトル / 言語: en
• タイトル: A Stochastic Biochemical Simulator with a Data-transfer Network on an FPGA
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 慶應義塾大学理工学部
• 著者所属: 慶應義塾大学理工学部
• 著者所属: 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
• 著者所属: 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
• 著者所属: 長崎大学工学部情報システムエ学科
• 著者所属: 長崎大学工学部情報システムエ学科
• 著者所属: 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
• 著者所属: 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Technology, Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Technology, Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Technology, Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Faculty of Science and Technology, Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Faculty of Science and Technology, Keio University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science and Technology, Keio University
• 著者名: 吉見, 真聡; 長名, 保範; 岩岡, 洋; 西川, 由理; 小嶋, 利紀; 舟橋, 啓; 広井, 賀子; 柴田, 裕一郎; 岩永, 直樹; 北野, 宏明; 天野, 英晴
• 著者名(英): Masato, YOSHIMI; Yasunori, OSANA; Yow, IWAOKA; Yuri, NISHIKAWA; Toshinori, KOJIMA; Akira, FUNAHASHl; Noriko, HIROI; Yuichiro, SHIBATA; Naoki, IWANAGA; Hiroaki, KITANO; Hideham, AMANO
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズム(SSA)は，生化学システムの厳密なシミュレーションが可能である一方，膨大な計算時間を要求することが知られている．本研究報告では，Next Reaction Method(SSA-NRM）をFPGA上で高スループットに実行することを目的として，シミュレーションデータ部分(DU)と計算部分のデータ転送をルータを介して接続する手法に関しての予備評価を行った．その結果，単一のシミュレーション速度は汎用プロセッサに劣るものの，中規模なFPGAに15個以上のDUを搭載可能であるため，汎用プロセッサの演算能力を超える性能が期待できることがわかった．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: A high-perfomance biochemical simulator using a reconfigurable system draws attention as a low-cost solution from biologists. Especially, stochastic simulation algorithms (SSAs) are widely known to be rigorous, but also to be time-consuming for advanced microprocessors due to its algorithm characteristics. In this research report, a prototype of data-transfer network based on SSA-NRM(Next Reaction Method) simulator is designed and evaluated with the most basic configuration. The evaluation result indicates high-throughput capability for large-scale biochemical systems.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA11451459
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告システムLSI設計技術（SLDM）; 巻 2006, 号 4(2006-SLDM-123), p. 101-106, 発行日 2006-01-18
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会