@techreport{oai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:00025895,
 author = {西村, 健 and 中村, 周吾 and 池口, 満徳 and 清水, 謙多郎 and Takeshi, Nishimura and Shugo, Nakamura and Mitsunori, Ikeguchi and Kentaro, Shimizu},
 issue = {21(1998-OS-080)},
 month = {Mar},
 note = {従来、分子動力学シミュレーションの並列アルゴリズムとして、負荷分散を目的とする原子分割法と通信量の最小化を目的とする空間分割法が提案されてきた。本研究では、負荷分散と通信量の低減の双方を考慮した、新しい並列アルゴリズムをいくつか提案する。これらのアルゴリズムを水中のタンパク質分子（16735原子）のシミュレーションに適用し、性能を比較したところ、中でも、微小セルを単位として原子を並べ、それらに働く力の計算を均等に分割してプロセッサに割り当てるアルゴリズムが最も良い性能を示し、従来の空間分割法に比べて10％以上の性能向上が達成されるという結果を得た。, Many parallel algorithms for molecular dynamics simulation have been proposed. Most of these algorithms can be classified into atom decomposition which aims at load balancing and space decomposition which aims at the minimization of communication cost. This paper proposes several new hybrid algorithms which consider the both. We evaluate the performance of these algorithms as well as conventional atom decomposition and space decomposition for a protein molecule in water (which consists of 16735 atoms in total). Among these hybrid algorithms, small-cell based force decomposition algorithm shows the best performance; it achieves more than 10% speedup compared with the conventional space decomposition algorithm.},
 title = {分子動力学シミュレーションの並列化における分割法の一考察},
 year = {1999}
}