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アイテム
CapR-G4:G4構造を考慮したRNA二次構造の構造プロファイル計算
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/241334
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/2413342d645543-e35a-41eb-a65b-41ff0f0a7830
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO24080006.pdf (372.1 kB)
2026年11月27日からダウンロード可能です。
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Copyright (c) 2024 by the Information Processing Society of Japan
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| 非会員：¥660, IPSJ:学会員：¥330, BIO:会員：¥0, DLIB:会員：¥0 | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2024-11-27 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | CapR-G4:G4構造を考慮したRNA二次構造の構造プロファイル計算 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| 言語 | en | |||||||||
| タイトル | CapR-G4: Calculation of structural profiles of RNA secondary structures including G-quadruplex | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 早稲田大学 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 早稲田大学 | ||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||
| en | ||||||||||
| Waseda University | ||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||
| en | ||||||||||
| Waseda University | ||||||||||
| 著者名 |
福永, 津嵩
× 福永, 津嵩
× 浜田, 道昭
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| 著者名(英) |
Tsukasa, Fukunaga
× Tsukasa, Fukunaga
× Michiaki, Hamada
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | RNA二次構造は RNA の機能と密接な関係があるため，その構造を予測する研究はバイオインフォマティクスにおいて広く行われてきた．構造プロファイルとは，RNA の各塩基が各ループ構造 (ヘアピンループ，バルジループなど) を形成する確率のことであり，RNA-タンパク質結合予測や核酸医薬開発において特徴量として広く利用されている．発表者は以前，この構造プロファイルを動的計画法によって計算するプログラムである CapR を開発したが，以前の研究では基本的な二次構造のみを考慮しており，G4 構造などの特殊な二次構造は考慮していなかった．G4 構造は近年神経変性疾患への関与や核酸医薬の開発において注目を集めており，今後の二次構造解析では重要な位置を占めると考えられる．本研究では CapR を，G4 構造を考慮するよう拡張を行い，トランスクリプトームレベルでの G4 を含めた構造プロファイル計算を行ったため，その性質と今後の展望について発表する． | |||||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | As RNA function closely related to its secondary structures, RNA secondary structure prediction is one of the classic research topics in bioinformatics. Structural profiles are the probability of each RNA nucleotide forming each loop structure (such as hairpin loops and bulge loops), and they are widely used as features in RNA-protein binding prediction and the development of RNA aptamer. We previously developed CapR, a program that calculates the structural profiles using dynamic programming, but the previous research only considered canonical loop structures and did not consider non-canonical loop structures such as G-quadruplexes. G-quadruplexes have recently attracted attention for their involvement in neurodegenerative diseases and in the development of RNA aptamers, and they are expected to play an essential role in future secondary structure analysis. In this study, we extended CapR to include G-quadruplexes and calculated structural profiles including G-quadruplexes at the transcriptome level. | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2024-BIO-80, 号 6, p. 1-2, 発行日 2024-11-27 |
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| ISSN | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
| 収録物識別子 | 2188-8590 | |||||||||
| Notice | ||||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||
| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
