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アイテム
バーチャルスクリーニングに適したAlphaFold2タンパク質立体構造モデルの選択
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/226508
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/2265080773b2d0-1636-48f4-b069-f2e7862d0e6d
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-MPS23143040.pdf (569.7 kB)
2025年6月22日からダウンロード可能です。
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Copyright (c) 2023 by the Information Processing Society of Japan
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| 非会員：¥660, IPSJ:学会員：¥330, MPS:会員：¥0, DLIB:会員：¥0 | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2023-06-22 | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | バーチャルスクリーニングに適したAlphaFold2タンパク質立体構造モデルの選択 | |||||||||||
| 言語 | ||||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | バイオ情報学1 | |||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||||
| 東京工業大学情報理工学院情報工学系 | ||||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||||
| 東京工業大学情報理工学院情報工学系 | ||||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||||
| 東京工業大学情報理工学院情報工学系 | ||||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||||
| en | ||||||||||||
| Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology | ||||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||||
| en | ||||||||||||
| Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology | ||||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||||
| en | ||||||||||||
| Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology | ||||||||||||
| 著者名 |
内河, 慶輔
× 内河, 慶輔
× 古井, 海里
× 大上, 雅史
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| 論文抄録 | ||||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||||
| 内容記述 | タンパク質の立体構造情報を用いた構造ベースバーチャルスクリーニングは，他手法と比べて新規性の高い薬剤候補化合物を発見しやすいなどの利点がある．一方で，使用する標的タンパク質の立体構造によってスクリーニング精度が大きく変化するという問題があり，一般的に単体構造である apo 体よりもリガンドとの複合体構造である holo 体を用いた方が精度は良いが，予測された立体構造については結果は未知であった．そこで，本研究ではタンパク質立体構造予測の代表的な手法である AlphaFold2 を用いて予測した立体構造を活用して，構造ベースバーチャルスクリーニングの精度を検証した．特に，どのような予測構造を用いると精度が向上するかを DUD-E diverse subset の 8 標的で網羅的に検証した．その結果，テンプレート構造を使用せず，リガンド周辺の残基による RMSD 距離行列からクラスタ外れ値を抽出する方法が最適であった．各標的のスクリーニング性能は共結晶構造と同等か若干劣る程度であったが，一部のタンパク質は共結晶構造を上回るスクリーニング性能を示した．以上の結果は，構造ベースバーチャルスクリーニングの適用範囲を，予測による立体構造を活用することで大幅に拡張できることを示唆している． | |||||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||
| 収録物識別子 | AN10505667 | |||||||||||
| 書誌情報 |
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 巻 2023-MPS-143, 号 40, p. 1-7, 発行日 2023-06-22 |
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| ISSN | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||
| 収録物識別子 | 2188-8833 | |||||||||||
| Notice | ||||||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||||
| 出版者 | ||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||||
