生物学的なネットワークの制御におけるIntermittent頂点の重要性の定量化アルゴリズムについて

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2022-11-22
• タイトル: 生物学的なネットワークの制御におけるIntermittent頂点の重要性の定量化アルゴリズムについて
• タイトル / 言語: en
• タイトル: An algorithm for quantifying the importance of intermittent nodes in controlling biological networks
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東邦大学大学院理学研究科情報科学専攻
• 著者所属: 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
• 著者所属: 東邦大学理学部情報科学科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Science, Toho University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Information Science, Toho University
• 著者名: 染谷, 航; 阿久津, 達也; ナチェル, ホセ
• 著者名(英): Wataru, Someya; Tatsuya, Akutsu; Jose, C. Nacher
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: ネットワークの可制御性の研究は，ヒトの疾患や重要な生物学的な機能に関するタンパク質や遺伝子を同定するなど大きな成果をあげてきている．最小支配集合を用いた可制御性の研究では，ドライバー（コントローラー）としてある解には含まれ別の解には含まれない頂点は Intermittent 頂点として分類される．Intermittent 頂点の重要性は，全ての解に含まれる Critical 頂点よりも，はるかに低く考えられており，これらの頂点については深く調べられていない．ここで我々は，Criticality という，可制御性に関する新たな重要性の尺度を定義し，それを効率的に計算するアルゴリズムを作成した．これにより，有向生物学的ネットワークの Intermittent 頂点の重要性を定量化することが可能になり，今回初めて Intermittent 頂点のヒトの疾患への関連性や生物学的な重要性を明らかにすることができた．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Network Controllability methods have shown promising results in identifying proteins and genes associated with human diseases and important biological processes. Controllability methods classify a node into an intermittent control category if it appears in at least one solution of the driver (i.e., controller) node set. However, they are usually considered much less important than those of critical control nodes that are required to appear in all possible solutions of a minimum driver node set. Therefore, they have not been investigated in depth. Here, we define a new controllability measure called criticality, and its associated efficient algorithm, that quantifies the importance of intermittent nodes in directed biological networks. Our results demonstrate for the first time the biological importance of the intermittent nodes as well as their associations with specific human diseases.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2022-BIO-72, 号 8, p. 1-1, 発行日 2022-11-22
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会